こんにちは。

> 文節区切りで次のような問題が起きています。

Niibe さんの言われる通り、ibus-anthy 側の問題だと思いますが、
(報告される場合は http://code.google.com/p/ibus/issues/list )
少し補足。

どうも、複合語形式で登録されているもので発症するようです。

compound.t:りがくけいけんきゅうか #T35 #_3理学_2系_5研究_1科

登録自体は 2文節のものでも、

compound.t:りがくはかせ #T35 #_3理学_3博士

「りがくはかせをとる」のように 3文節になる文だと発症しますね。

りがくはかせをとる
  ↓ 変換
[理学|博士を|とる]
  ↓ 最初の文節を確定
理学[博士を|とる]
  ↓ 文節を 1文字縮める
理学[白紙|を]

当座のしのぎ方は
・commit_first_segment / commit_selected_segment は使わず、
 すべての文節を一括で確定するようにする
か、
・scim-anthy を使う
かになると思います。

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