2013/9/26 Petr Baudis <[email protected]> > Ahoj! > > On Thu, Sep 26, 2013 at 01:40:15AM +0200, Jakub Friedl wrote: > > v rámci aktuálního biolab grantu je nějaká částka (přesně ví bluebear) > > vyhrazená pro nákup primerů pro PCR. > > > > Bylo by fajn, aby jsme se zamysleli nad tím, jaké primery objednáme > (grant > > by se měl vyúčtovat do 3 měsíců) - a pokud není sekvence dostupná v > > literatuře, primery navrhnout. > > Mozna by bylo dobre upresnit, k cemu jsou takove primery dobre. Sam > tomu moc nerozumim, laicky bych to mozna rekl (doufam ze priblizne > spravne) tak, ze primery jsou male kousky DNA, ktere se matchuji na DNA, > kterou analyzujeme, a tak urcuji, jake casti DNA pak vizualne uvidime v > podobe carek na elektroforeze. Zajimaji nas tedy takove kusy DNA, ktere > se lisi podle toho, jestli obsahuji featuru, ktera nas pri analyze > zajima (pritomnost geneticke vady, druhovy puvod, ...) a podle toho > musime primery vybrat. Poradneho vysvetleni toho procesu se jiste > dockate od chido na hackathonu v sobotu. :) > > no ten mail byl spíš adresovát těm, co to vědí :) nevím, zda se někdo čerstvě obeznámený s teorií pustí do plánování experimentů a grantu (tím nechci nikoho odrazovat), bych spíš čekal, že si to nechá nejdříve předvést
> > Pak by myslím bylo fajn mít kromě specifických primerů něco > univerzálního, > > nejspíše nějaké zavedené sekvence používané na barcoding. I když si > myslím, > > že produkt vhodný k sekvenaci se nám jen tak nepovede. > > Co je to barcoding? > > s pouzitim vicemene univerzalnich primeru (navrzenych pro cele velke skupiny organismu) a porovnanim sekvence s databazi můžeš identifikovat jinak těžko rozpoznatelné druhy K
_______________________________________________ Brmlab mailing list [email protected] http://brmlab.cz/cgi-bin/mailman/listinfo/brmlab
