Package: src:pymatgen-core Version: 2026.4.7+dfsg1-1 Severity: serious Tags: ftbfs forky sid
Dear maintainer: During a rebuild of all packages in unstable, this package failed to build. Below you will find the last part of the build log (probably the most relevant part, but not necessarily). If required, the full build log is available here: https://people.debian.org/~sanvila/build-logs/202605/ About the archive rebuild: The build was made on virtual machines from AWS, using sbuild and a reduced chroot with only build-essential packages. If you cannot reproduce the bug please contact me privately, as I am willing to provide ssh access to a virtual machine where the bug is fully reproducible. If this is really a bug in one of the build-depends, please use reassign and add an affects on src:pymatgen-core, so that this is still visible in the BTS web page for this package. Thanks. -------------------------------------------------------------------------------- [...] debian/rules clean dh clean --buildsystem=pybuild dh_auto_clean -O--buildsystem=pybuild debian/rules execute_after_dh_auto_clean make[1]: Entering directory '/<<PKGBUILDDIR>>' rm -f src/pymatgen/optimization/neighbors.c src/pymatgen/util/coord_cython.c make[1]: Leaving directory '/<<PKGBUILDDIR>>' dh_autoreconf_clean -O--buildsystem=pybuild dh_clean -O--buildsystem=pybuild debian/rules binary dh binary --buildsystem=pybuild dh_update_autotools_config -O--buildsystem=pybuild dh_autoreconf -O--buildsystem=pybuild dh_auto_configure -O--buildsystem=pybuild dh_auto_build -O--buildsystem=pybuild [... snipped ...] adding 'pymatgen/core/xcfunc.py' adding 'pymatgen/core/data/g_els.json' adding 'pymatgen/core/data/nist_gas_gf.json' adding 'pymatgen/core/elasticity/__init__.py' adding 'pymatgen/core/elasticity/elastic.py' adding 'pymatgen/core/elasticity/strain.py' adding 'pymatgen/core/elasticity/stress.py' adding 'pymatgen/core/structure_prediction/DLS_bond_params.yaml' adding 'pymatgen/core/structure_prediction/__init__.py' adding 'pymatgen/core/structure_prediction/dopant_predictor.py' adding 'pymatgen/core/structure_prediction/substitution_probability.py' adding 'pymatgen/core/structure_prediction/substitutor.py' adding 'pymatgen/core/structure_prediction/volume_predictor.py' adding 'pymatgen/core/structure_prediction/data/lambda.json' adding 'pymatgen/core/structure_prediction/data/pair_correlation.json' adding 'pymatgen/electronic_structure/__init__.py' adding 'pymatgen/electronic_structure/bandstructure.py' adding 'pymatgen/electronic_structure/boltztrap.py' adding 'pymatgen/electronic_structure/boltztrap2.py' adding 'pymatgen/electronic_structure/cohp.py' adding 'pymatgen/electronic_structure/core.py' adding 'pymatgen/electronic_structure/dos.py' adding 'pymatgen/electronic_structure/plotter.py' adding 'pymatgen/io/adf.py' adding 'pymatgen/io/ase.py' adding 'pymatgen/io/atat.py' adding 'pymatgen/io/babel.py' adding 'pymatgen/io/cif.py' adding 'pymatgen/io/common.py' adding 'pymatgen/io/core.py' adding 'pymatgen/io/cssr.py' adding 'pymatgen/io/fiesta.py' adding 'pymatgen/io/gaussian.py' adding 'pymatgen/io/icet.py' adding 'pymatgen/io/jarvis.py' adding 'pymatgen/io/lmto.py' adding 'pymatgen/io/multiwfn.py' adding 'pymatgen/io/nwchem.py' adding 'pymatgen/io/openff.py' adding 'pymatgen/io/optimade.py' adding 'pymatgen/io/packmol.py' adding 'pymatgen/io/phonopy.py' adding 'pymatgen/io/prismatic.py' adding 'pymatgen/io/pwscf.py' adding 'pymatgen/io/res.py' adding 'pymatgen/io/shengbte.py' adding 'pymatgen/io/template.py' adding 'pymatgen/io/wannier90.py' adding 'pymatgen/io/xcrysden.py' adding 'pymatgen/io/xr.py' adding 'pymatgen/io/xyz.py' adding 'pymatgen/io/zeopp.py' adding 'pymatgen/io/abinit/__init__.py' adding 'pymatgen/io/abinit/abiobjects.py' adding 'pymatgen/io/abinit/abitimer.py' adding 'pymatgen/io/abinit/inputs.py' adding 'pymatgen/io/abinit/netcdf.py' adding 'pymatgen/io/abinit/pseudos.py' adding 'pymatgen/io/abinit/variable.py' adding 'pymatgen/io/cp2k/__init__.py' adding 'pymatgen/io/cp2k/inputs.py' adding 'pymatgen/io/cp2k/outputs.py' adding 'pymatgen/io/cp2k/sets.py' adding 'pymatgen/io/cp2k/utils.py' adding 'pymatgen/io/exciting/__init__.py' adding 'pymatgen/io/exciting/inputs.py' adding 'pymatgen/io/feff/MPELNESSet.yaml' adding 'pymatgen/io/feff/MPEXAFSSet.yaml' adding 'pymatgen/io/feff/MPEXELFSSet.yaml' adding 'pymatgen/io/feff/MPXANESSet.yaml' adding 'pymatgen/io/feff/__init__.py' adding 'pymatgen/io/feff/inputs.py' adding 'pymatgen/io/feff/outputs.py' adding 'pymatgen/io/feff/sets.py' adding 'pymatgen/io/jdftx/BaseJdftxSet.yaml' adding 'pymatgen/io/jdftx/__init__.py' adding 'pymatgen/io/jdftx/_output_utils.py' adding 'pymatgen/io/jdftx/generic_tags.py' adding 'pymatgen/io/jdftx/inputs.py' adding 'pymatgen/io/jdftx/jdftxinfile_default_inputs.py' adding 'pymatgen/io/jdftx/jdftxinfile_master_format.py' adding 'pymatgen/io/jdftx/jdftxinfile_ref_options.py' adding 'pymatgen/io/jdftx/jdftxoutfileslice.py' adding 'pymatgen/io/jdftx/jelstep.py' adding 'pymatgen/io/jdftx/jminsettings.py' adding 'pymatgen/io/jdftx/joutstructure.py' adding 'pymatgen/io/jdftx/joutstructures.py' adding 'pymatgen/io/jdftx/outputs.py' adding 'pymatgen/io/jdftx/sets.py' adding 'pymatgen/io/lammps/CoeffsDataType.yaml' adding 'pymatgen/io/lammps/__init__.py' adding 'pymatgen/io/lammps/data.py' adding 'pymatgen/io/lammps/generators.py' adding 'pymatgen/io/lammps/inputs.py' adding 'pymatgen/io/lammps/outputs.py' adding 'pymatgen/io/lammps/sets.py' adding 'pymatgen/io/lammps/utils.py' adding 'pymatgen/io/lammps/templates/md.template' adding 'pymatgen/io/lammps/templates/minimization.template' adding 'pymatgen/io/lammps/templates/msd.template' adding 'pymatgen/io/lammps/templates/thermalization.template' adding 'pymatgen/io/lobster/__init__.py' adding 'pymatgen/io/lobster/inputs.py' adding 'pymatgen/io/lobster/lobsterenv.py' adding 'pymatgen/io/lobster/outputs.py' adding 'pymatgen/io/lobster/sets.py' adding 'pymatgen/io/lobster/future/__init__.py' adding 'pymatgen/io/lobster/future/constants.py' adding 'pymatgen/io/lobster/future/core.py' adding 'pymatgen/io/lobster/future/inputs.py' adding 'pymatgen/io/lobster/future/lobsterenv.py' adding 'pymatgen/io/lobster/future/types.py' adding 'pymatgen/io/lobster/future/utils.py' adding 'pymatgen/io/lobster/future/versioning.py' adding 'pymatgen/io/lobster/future/lobster_basis/BASIS_PBE_54_max.yaml' adding 'pymatgen/io/lobster/future/lobster_basis/BASIS_PBE_54_min.yaml' adding 'pymatgen/io/lobster/future/lobster_basis/BASIS_PBE_54_standard.yaml' adding 'pymatgen/io/lobster/future/outputs/__init__.py' adding 'pymatgen/io/lobster/future/outputs/bands.py' adding 'pymatgen/io/lobster/future/outputs/coxxcar.py' adding 'pymatgen/io/lobster/future/outputs/doscar.py' adding 'pymatgen/io/lobster/future/outputs/icoxxlist.py' adding 'pymatgen/io/lobster/future/outputs/lobsterout.py' adding 'pymatgen/io/lobster/future/outputs/misc.py' adding 'pymatgen/io/lobster/future/outputs/populations.py' adding 'pymatgen/io/lobster/lobster_basis/BASIS_PBE_54_max.yaml' adding 'pymatgen/io/lobster/lobster_basis/BASIS_PBE_54_min.yaml' adding 'pymatgen/io/lobster/lobster_basis/BASIS_PBE_54_standard.yaml' adding 'pymatgen/io/pwmat/__init__.py' adding 'pymatgen/io/pwmat/inputs.py' adding 'pymatgen/io/pwmat/outputs.py' adding 'pymatgen/io/qchem/__init__.py' adding 'pymatgen/io/qchem/inputs.py' adding 'pymatgen/io/qchem/outputs.py' adding 'pymatgen/io/qchem/sets.py' adding 'pymatgen/io/qchem/utils.py' adding 'pymatgen/io/vasp/MITRelaxSet.yaml' adding 'pymatgen/io/vasp/MP24RelaxSet.yaml' adding 'pymatgen/io/vasp/MPAbsorptionSet.yaml' adding 'pymatgen/io/vasp/MPHSERelaxSet.yaml' adding 'pymatgen/io/vasp/MPRelaxSet.yaml' adding 'pymatgen/io/vasp/MPSCANRelaxSet.yaml' adding 'pymatgen/io/vasp/MVLGWSet.yaml' adding 'pymatgen/io/vasp/MVLRelax52Set.yaml' adding 'pymatgen/io/vasp/MatPESStaticSet.yaml' adding 'pymatgen/io/vasp/PBE54Base.yaml' adding 'pymatgen/io/vasp/PBE64Base.yaml' adding 'pymatgen/io/vasp/VASPIncarBase.yaml' adding 'pymatgen/io/vasp/__init__.py' adding 'pymatgen/io/vasp/help.py' adding 'pymatgen/io/vasp/incar_parameters.json' adding 'pymatgen/io/vasp/inputs.py' adding 'pymatgen/io/vasp/optics.py' adding 'pymatgen/io/vasp/outputs.py' adding 'pymatgen/io/vasp/potcar-summary-stats.json.bz2' adding 'pymatgen/io/vasp/sets.py' adding 'pymatgen/io/vasp/vasp_potcar_file_hashes.json' adding 'pymatgen/io/vasp/vasp_potcar_pymatgen_hashes.json' adding 'pymatgen/io/vasp/vdW_parameters.yaml' adding 'pymatgen/io/xtb/__init__.py' adding 'pymatgen/io/xtb/inputs.py' adding 'pymatgen/io/xtb/outputs.py' adding 'pymatgen/optimization/__init__.py' adding 'pymatgen/optimization/neighbors.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so' adding 'pymatgen/phonon/__init__.py' adding 'pymatgen/phonon/bandstructure.py' adding 'pymatgen/phonon/dos.py' adding 'pymatgen/phonon/gruneisen.py' adding 'pymatgen/phonon/ir_spectra.py' adding 'pymatgen/phonon/plotter.py' adding 'pymatgen/phonon/thermal_displacements.py' adding 'pymatgen/symmetry/__init__.py' adding 'pymatgen/symmetry/analyzer.py' adding 'pymatgen/symmetry/bandstructure.py' adding 'pymatgen/symmetry/groups.py' adding 'pymatgen/symmetry/kpath.py' adding 'pymatgen/symmetry/maggroups.py' adding 'pymatgen/symmetry/settings.py' adding 'pymatgen/symmetry/site_symmetries.py' adding 'pymatgen/symmetry/structure.py' adding 'pymatgen/symmetry/symm_data.json' adding 'pymatgen/symmetry/symm_data.yaml' adding 'pymatgen/symmetry/symm_data_magnetic.sqlite' adding 'pymatgen/symmetry/symm_ops.json' adding 'pymatgen/symmetry/symm_ops.yaml' adding 'pymatgen/transformations/__init__.py' adding 'pymatgen/transformations/advanced_transformations.py' adding 'pymatgen/transformations/site_transformations.py' adding 'pymatgen/transformations/standard_transformations.py' adding 'pymatgen/transformations/transformation_abc.py' adding 'pymatgen/util/__init__.py' adding 'pymatgen/util/coord.py' adding 'pymatgen/util/coord_cython.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so' adding 'pymatgen/util/due.py' adding 'pymatgen/util/graph_hashing.py' adding 'pymatgen/util/io_utils.py' adding 'pymatgen/util/joblib.py' adding 'pymatgen/util/misc.py' adding 'pymatgen/util/num.py' adding 'pymatgen/util/numba.py' adding 'pymatgen/util/plotly_chempot_layouts.json' adding 'pymatgen/util/plotly_interface_rxn_layouts.json' adding 'pymatgen/util/plotly_pd_layouts.json' adding 'pymatgen/util/plotting.py' adding 'pymatgen/util/provenance.py' adding 'pymatgen/util/string.py' adding 'pymatgen/util/testing.py' adding 'pymatgen/util/typing.py' adding 'pymatgen/util/structures/BaNiO3.json' adding 'pymatgen/util/structures/CsCl.json' adding 'pymatgen/util/structures/Graphite.json' adding 'pymatgen/util/structures/He_BCC.json' adding 'pymatgen/util/structures/K2O2.json' adding 'pymatgen/util/structures/La2CoO4F.json' adding 'pymatgen/util/structures/Li10GeP2S12.json' adding 'pymatgen/util/structures/Li2O.json' adding 'pymatgen/util/structures/Li2O2.json' adding 'pymatgen/util/structures/Li3V2(PO4)3.json' adding 'pymatgen/util/structures/LiFePO4.json' adding 'pymatgen/util/structures/NaFePO4.json' adding 'pymatgen/util/structures/Pb2TiZrO6.json' adding 'pymatgen/util/structures/Si.json' adding 'pymatgen/util/structures/SiO2.json' adding 'pymatgen/util/structures/Si_SiO2_Interface.json' adding 'pymatgen/util/structures/Sn.json' adding 'pymatgen/util/structures/SrTiO3.json' adding 'pymatgen/util/structures/TiO2.json' adding 'pymatgen/util/structures/TlBiSe2.json' adding 'pymatgen/util/structures/VO2.json' adding 'pymatgen_core-2026.4.7.dist-info/licenses/LICENSE' adding 'pymatgen_core-2026.4.7.dist-info/METADATA' adding 'pymatgen_core-2026.4.7.dist-info/WHEEL' adding 'pymatgen_core-2026.4.7.dist-info/top_level.txt' adding 'pymatgen_core-2026.4.7.dist-info/RECORD' removing build/bdist.linux-x86_64/wheel Successfully built pymatgen_core-2026.4.7-cp313-cp313-linux_x86_64.whl I: pybuild plugin_pyproject:168: Unpacking wheel built for python3.13 with "installer" module debian/rules override_dh_auto_test make[1]: Entering directory '/<<PKGBUILDDIR>>' SKIP_TESTS=""; \ list_initialised=0; \ for t in ; do \ if [ ${list_initialised} = 0 ]; then \ SKIP_TESTS=$t; \ list_initialised=1; \ else \ SKIP_TESTS="${SKIP_TESTS} or $t"; \ fi; \ done; \ if [ "x${SKIP_TESTS}" != "x" ]; then \ SKIP_TESTS="not ( ${SKIP_TESTS} )"; \ fi; \ echo "skipping tests: ${SKIP_TESTS}"; \ cp -r /usr/share/doc/pymatgen-core-test-files/examples/test-files /<<PKGBUILDDIR>>/.pybuild/; \ for py in `py3versions -sv`; do \ pybuilddir=`pybuild --pyver $py --print build_dir | awk '{print $3}'`; \ testdir=/<<PKGBUILDDIR>>/.pybuild/test_python$py; \ cp -a $pybuilddir $testdir; \ cp -a tests $testdir; \ PMG_TEST_FILES_DIR=/<<PKGBUILDDIR>>/.pybuild/test-files \ PYTHONPATH=$testdir PATH=$pybuilddir/../scripts:$PATH \ python$py -m pytest -v --import-mode=prepend --color=no -k "${SKIP_TESTS}" $testdir; \ done skipping tests: ERROR: usage: python3.14 -m pytest [options] [file_or_dir] [file_or_dir] [...] python3.14 -m pytest: error: unrecognized arguments: -n inifile: /<<PKGBUILDDIR>>/pyproject.toml rootdir: /<<PKGBUILDDIR>> ERROR: usage: __main__.py [options] [file_or_dir] [file_or_dir] [...] __main__.py: error: unrecognized arguments: -n inifile: /<<PKGBUILDDIR>>/pyproject.toml rootdir: /<<PKGBUILDDIR>> make[1]: *** [debian/rules:17: override_dh_auto_test] Error 4 make[1]: Leaving directory '/<<PKGBUILDDIR>>' make: *** [debian/rules:11: binary] Error 2 dpkg-buildpackage: error: debian/rules binary subprocess failed with exit status 2 --------------------------------------------------------------------------------
