Noto che nella preparazione di un'installazione automatica è possibile
proteggere le password da assegnare calcolandone l'hash. Mi viene una
curiosità, dal momento che per calcolare tale hash si esegue il seguente
comando:

$ printf "r00tme" | mkpasswd -s -m md5

vuol dire che solo io conosco il valore originale della pw. Ora, dal
momento che notoriamente MD5 è una funzione unidirezionale, com'è
possibile che il sistema riesca ad assegnare all'utente la pw in chiaro?

Non capisco.
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