dovrebbe eliminare solo la configurazione di sistema ma non la
configurazione a livello utente.

Poi dipende da come il manutentore del pacchetto ha creato gli script
di inizializzazione e rimozione del pacchetto.

No, è impossibile che apt o qualsiasi altro gestore di pacchetti rimuova
dati da ~/.config o ~/.cache.

Apt non elimina mai dati che non sono stati installati con il pacchetto
o generati da script di configurazione. I dati nella home non sono
installati da apt ma vengono creati dai programmi quando vengono eseguiti.

Se ad esempio installo smplayer non succede niente nella mia home. Solo
dopo che l'utente avvia il programma per la prima volta viene creata la
dir ~/.config/smplayer (e aggiornata ogni volta che modifico le
impostazioni del programma). Quindi se rimuovo smplayer con apt la
directory di configurazione utente rimane perché apt non puo' tracciare
queste informazioni.

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