тупой реинстал всех установленных пакетов не прокатит, если ставились какие-то левые пакеты (самосборные, из отключенных ныне реп, с сайта, etc). aptitude reinstall ~i споткнется и завалит весь процесс. по ссылке ниже мной приведен вариант с проверкой каждого из пакетов на предмет наличии в репах http://forum.ubuntu.ru/index.php?topic=133417.0
что касается левых файлов - можно каждый файл в выводе find погрепать в списках. что-то типа grep "$filename" /var/lib/dpkg/info/*.list | [ `wc -l` -gt 0 ] && echo "$filename" -- To UNSUBSCRIBE, email to [email protected] with a subject of "unsubscribe". Trouble? Contact [email protected] Archive: http://lists.debian.org/[email protected]

