Per si a algú més li passa, ja he trobat la sol·lució: es tracta de posar les dimensions correctes de la pantalla (en mm) a /etc/X11/xorg.conf, secció Monitor, amb la directiva DisplaySize, per exemple:
DisplaySize 406 304 Ho podeu fer amb llapis, paper i una regla o amb una eina com aquesta: http://www.raydreams.com/prog/dpi.aspx M'he trobat que Gtk és una mica perepunyetes amb aquestes coses i de vegades li agrada que siguis explícit. També m'ha servit per millorar l'aparença de les finestres d'algunes aplicacions fetes amb XDialog, que es veien fatal. Ricard

