As tu essayé de lancer xwininfo et de cliquer sur la fenêtre dont tu souhaites avoir des informations ?
Eh eh intéressant ce xwininfo, je connaissais pas.

Ma question de base a été résolu par Nicolas mais cette technique permet de
résoudre le problème de manière générale.
(ce lien m'a bien aidé: http://blog.chewearn.com/2010/01/18/find-window-id-of-a-process-id-in-bash-script/ )

Pour résumer (gros doigts):

1) On recup le "window id" avec xwininfo
XWINDOWID=`xwininfo | grep "Window id:" | cut -d" " -f4`

2) On recup le process associé à cette fenêtre avec xprop
NUMPID=`xprop -id $XWINDOWID _NET_WM_PID | cut -d"=" -f2`

3) Et enfin, on recup le nom de l'appli avec un ps
ps --no-header -o comm -p $NUMPID

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