Je suppose que les recherches sur la fatigue visuelle, les chartes de couleur et autres, ont véritablement commencé, à part quelques exceptions, largement après le début des environnements de bureau (Win, MacOS, Unix, *BSD, Linux...)

Pour aptitude, oui, l'équipe de Debian a manifestement réfléchi à ce point:
https://www.debian.org/doc/manuals/aptitude/ch02s05s03.fr.html

pour d'autres outils en TUI ou en CLI, si l'équipe du projet a réfléchi à la question, consulter la doc dudit projet pour savoir comment personnaliser à son goût.

Sinon, il reste la ressource de personnaliser le terminal dans lequel on travaille, cf:
https://www.debian.org/doc/manuals/debian-reference/ch09.fr.html#_the_terminal_configuration
et je suppose que certains terminaux (comme ceux provenant des DE ou ceux destinés aux super-geeks) sont potentiellement plus facilement configurables à la souris pour les premiers et encore plus configurables pour les seconds (c'est une supposition, je n'ai pas regardé la manpage de terminfo, je ne personnalise pas mon terminal)

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