Je suppose que les recherches sur la fatigue visuelle, les chartes de
couleur et autres, ont véritablement commencé, à part quelques
exceptions, largement après le début des environnements de bureau (Win,
MacOS, Unix, *BSD, Linux...)
Pour aptitude, oui, l'équipe de Debian a manifestement réfléchi à ce point:
https://www.debian.org/doc/manuals/aptitude/ch02s05s03.fr.html
pour d'autres outils en TUI ou en CLI, si l'équipe du projet a réfléchi
à la question, consulter la doc dudit projet pour savoir comment
personnaliser à son goût.
Sinon, il reste la ressource de personnaliser le terminal dans lequel on
travaille, cf:
https://www.debian.org/doc/manuals/debian-reference/ch09.fr.html#_the_terminal_configuration
et je suppose que certains terminaux (comme ceux provenant des DE ou
ceux destinés aux super-geeks) sont potentiellement plus facilement
configurables à la souris pour les premiers et encore plus configurables
pour les seconds (c'est une supposition, je n'ai pas regardé la manpage
de terminfo, je ne personnalise pas mon terminal)