Czy ktoś może wie, w jakim pliku wpisywać reguły iptables żeby były
zapamiętane po restarcie systemu, a może jest plik w którym są wszystkie
reguły?

Najprościej, gotowy skrypt z firewallem kopiujesz tutaj:

/etc/network/if-up.d/skrypt_z_firewallem.sh

lub robisz w tym folderze dowiązanie do skryptu i sprawa załatwiona :)

--
Pozdrawiam

Odpowiedź listem elektroniczym