2009/2/3 Jacek Kawa <[email protected]>: > Jak podają anonimowe źródła, przepowiedziano, że Krzysztof Zubik napisze: > > [...] >> > Jestem studentem medycyny. Gdybym umiał programować, zająłbym się tym >> > programem. >> > >> > Czy ktoś z Was chce lub zna kogoś żeby pomóc ruszać dalej ten projekt? >> > >> > http://aeskulap.nongnu.org/participate.html >> > >> > np. eksport obrazów do jpeg byłby bardzo przydatny, opcja drukowania >> > czy też odczytywanie płyt cd >> > >> > >> > Piszę, bo może macie jakiegoś znajomego/znajomą np Fizyce Medycznej, >> > albo macie znajomych w jakimś kółku naukowym. Jeśli tak, to przekażcie >> > im informacje, że taki projekt open-source czeka na rozruszanie. > >> Co do detali ja wiele nie pomoge, gdyz medycyna, to nie moja dziedzina. >> Jednakze wiem, ze kilku lekarzy i studentow medycyny jest tez w >> innych grupkach linuxowych i przekaze ta wiadomosc. > > [...] >> One podaja wiele ciekawostek. O Aesculapie wiecej pod >> http://www.google.pl/linux?hl=pl&q=Aeskulap&btnG=Szukaj&lr=lang_pl >> O formacie DICOM (teraz dowiedzialem sie, ze taki tez istnieje) i jak >> okazalo sie, ze i o innych narzedziach do jego obslugi i prawdopodobnie >> tez do >> jego przetwarzania na inne formaty wiec to czego chciales pod >> http://www.google.pl/linux?hl=pl&q=DICOM&btnG=Szukaj&lr=lang_pl > > > Co do DICOMu - to akurat więcej niż format plików z obrazami: > to cały standard dotyczący transmisji i składowania (co dla > niektórych może być ciekawe - standard zorientowany obiektowo > na klasy obiekt - usługa). > > W każdym razie najlepszym, moim zdaniem, _narzędziem_ do robienia > czegokolwiek z DICOMem pod Debianem jest pakiet dcmtk. Następna > w kolejności jest przeglądarka xmedcon + konsolowy medcon oraz > imagemagick. > > 1. dcmtk: jest obsługa między innymi transmisji > w usłudze storage, wyszukiwania i transmisji w usłudze move > (w skrócie: można wysyłać i odbierać obrazy/dane z serwera > dicomowego) + prosty serwer + indeksowanie do dicomdirów + wiele innych. > Dostępne są też odpowiednie biblioteki. > > Bonus: nieoceniony dcmdump, (dzięki któremu udało mi się przyspieszyć > czytanie dicomów, a właściwie dicomdirów, w matlabie jakieś 10x). > > 2. xmedcon: o tyle dobrze, że jest, bo możliwościami jakoś specjalnie > nie zaskakuje (nie jako przeglądarka). Za to razem z bliźniaczym medconem > jest już całkiem przydatnym narzędziem do czytania pre-DICOMów, > anonimizacji czy konwersji. > > 3. imagemagick - wiadomo :) > > >> Dalej przegladajac linki pod >> http://www.mandrivalinux.eu/showthread.php?t=338068&page=2 >> cos o kompilacji Gimp-a, zeby on obslugiwal *.dicom Dalej na drugiej >> stronie >> w googlach jeszcze ciekawszy link http://soft4linux.pl/?cat=18 >> o roznych linuxowych programach graficznych. Ten ostatni >> ImageJ obsluguje m.in *.dicom Coz moze go poprobowac. > > DICOM jako format jest dość specyficzny. W czasie jednego badania może być > generowanych kilka serii. Każda seria to np. 100 pojedynczych obrazów. Obrazy > te > mogą być wciśnięte do jednego pliku albo rozproszone (najczęściej wszystko > jest rozproszone ale zindeksowane w pliku DICOMdir i składane w locie przez > przeglądarki). > Tak czy siak jednak - typowy obiekt dicomowy (zwykle obraz) - będzie zawierał > m.in. dane o pacjencie, badaniu, serii, ułożeniu aparatu (te dane > są różne w zależności od tego, czy to tomograf, czy rezonans, czy USG, ...) > oraz dane obrazowe. Czasami do tego dołączony będzie raport (z aplikacji > przetwarzającej bądź z opisu). > > Same dane obrazowe to od 8 - 12/16 bitów typowo LE lub BE (standard przewiduje > jeszcze dodatkowo bardziej oryginalne kombinacje). Obrazy najczęściej > monochromatyczne (zwykle odcienie szarości). Wyświetlając to trzeba wybrać z > różnych > możliwości odwzorowania wartości piksela -> wartość wyświetlaną i skorzystać z > predefiniowane schematów lub dopiętej do obiektu funkcji przejścia lub > tablicy przejścia/LUT > lub jeszcze jakoś inaczej, w zalezności od tego, co podpowie wyobrażnia. Do > obrazów > mogą być również przypięte parametry okna wyświetlania kontrast + jasność) > oraz cała > masa podobnych danych, których w jpeg się nie uświadczy. > > Po prostu DICOM próbuje ujednolicić operacje na danych medycznych, > które ze swej natury są bardzo różne. Znajduje to odzwierciedlenie w stopniu > komplikacji oprogramowania (oraz samego standardu). > > ... > Tutaj powinno być więcej, ale zamiast tego zachęcam do spojrzenia na > strony PG (http://medtech.eti.pg.gda.pl). > ... > > REASUMUJĄC: po dłuższym użeraniu się z tym na piechotę prościej > jest jednak skorzystać z przeglądarki DICOMowej dedykowanej tego typu danym > (specjalizacja jest nawet dalsza - oprogramowanie może np. > "rozumieć" obiekty dicome związane z rezonansem magnetycznym, a z > tomografem już nie: patrz formularz zgodności dołączony do każdej > aplikacji/sprzętu). Poleganie tu na gimpie to raczej masochizm. > > Dla chcących się pobawić - http://www.bic.mni.mcgill.ca/brainweb/ -> ściągnąć > dowolny obraz MR głowy i potraktować dcmdupem, pooglądać w xmedconie itp. > > [ciach] > > Wracając do oprogramowania - na laboratoriach z systemów medycznych > używałem swego czasu CDMedic - dystrybucji stworzonej przez (jeśli pamiętam) > lekarza radiologa na własne potrzeby, a opartej na Debianie. Zawiera > m.in. serwer PACS (DICOMowski serwer obrazów + indeksowanie + logistyka), > różne przeglądarki (w tym nawet jakieś proste rekonstrukcje 3D) itp. > > > PS. Co ciekawe na Maca jest dostępna otwartoźródłowa przeglądarka OsiriX > (dla niektórych 8 cud świata; dla innych 7,5). > > PPS. Wspomniany projekt pooglądam, może ktoś będzie się tym > chciał zająć. >
Czy ktos zprawdzal: http://en.wikipedia.org/wiki/Veterans_Health_Information_Systems_and_Technology_Architecture "VistA" Veterans Health Information Systems and Technology Architecture Jeden z najwiekszysz systemow medycznych w open source. Lukasz -- To UNSUBSCRIBE, email to [email protected] with a subject of "unsubscribe". Trouble? Contact [email protected]
