Dentro do arquivo /etc/apache2/sites-available/default você pode definir em qual diretório você quer que o apache leia. Ou então criar alguns confs apontando para o diretório desejado.
Exemplo:
arquivo site.conf
Alias /pasta /home/site1
<VirtualHost *:80>
DocumentRoot /home/site1
ServerName site.com
</VirtualHost>
