Se você utilizar um IDE como o Eclipse ou o Netbeans, ele cria toda a estrutura de webapps para você.
Se você quer criar na mão, fica abaixo do %TOMCAT%/webapps/<aplicação> quanto à porta de conexao pelo browser, você deve definir na tag <!-- Define a non-SSL Coyote HTTP/1.1 Connector on port 8080 --> <Connector port="8080" maxThreads="150" minSpareThreads="25" maxSpareThreads="75" enableLookups="false" redirectPort="8443" acceptCount="100" debug="0" connectionTimeout="20000" disableUploadTimeout="true" /> Esta que você se referiu (<Server port="8180" shutdown="SHUTDOWN" debug="0">) é a porta que o tomcat se conecta para fazer shutdown.