Bueno, ya lo solucioné, era un error de lo más tonto, que son los más
difíciles de encontrar. Al final tenía que cambiar una línea en el
Makefine.am que esta en src/exe. La línea que estaba mal era la que ponía:
INCLUDE${top_srcdir)}/src/lib
Había que poner:
INCLUDE${top_builddir)}/src/libCon este cambio todo funcionó a la perfección. Hasta luego

