Yo instalé tomcat5.5 con sun-java6 y no tuve problemas. Solo agregué un usuario administrador en la configuración de tomcat, agregué la ruta al java en /etc/default/tomcat5.5, reinicié el servicio y luego agregué el .war en la aplicación web del tomcat, que creo que hace parte del paquete tomcat5.5-webapps.
-- "Al principio, el Hombre creó a Dios; y lo creó a su imagen y semejanza. Y el Hombre dio a Dios multitud de nombres, y el poder de que fuera el Señor de toda la tierra cuando al Hombre le conviniere."
