Si te referis a desventajas de programas de consola respecto de programas con gui, se me ocurre que en los programas gui hay mas lugar para acomodar (visualmente) mas opciones, y ademas en una gui se pueden mostrar graficos. Tambien que en un entorno X se pueden ver varias aplicaciones al mismo tiempo (cada ventana), mientras que en la consola vemos un programa a la vez (hay que ir cambiando de consolas para interactuar con cada programa).
