/etc/mysql/my.cnf es la cosa
Lo de copiar el contenido del directorio solo te va a funcionar si el otro server esta corriendo la misma version de la que le hiciste la copia (ojo que si funciona y yo mismo lo he probado) o al menos una version lo mas cercana posible, pero lo mas limpio que puedes hacer es el dump que te dijeron.. basicamente con cualquier cliente lo puedes hacer... lo mismo desde la consola (cliente mas extremo para un usuario end) que de otro... en mi caso me encanta el phpmyadmin dado que hago cositas para la web y bueno.. lo mio primero y siempre tengo un navegador a mano pues... con phpmyadmin que ademas esta incluido como un paquete debian lo puedes hacer de forma muy intuitiva.
