Estoy usando xfce así que no estoy muy seguro si esto funciona pero prueba
ejecuta el editor de configuración de gnome con el comando gconf-editor luego en el arbol de carpetas habré />desktop >gnome>file_views y de entre las opciones que aparecen en el lado derecho viene una que dice: show_hidden_files supongo eso debería funcionar... saludos...
