He restaurado el sistema a una copia de seguridad anterior a las actualizaciones, y vuelve a funcionar correctamente todo, incluso synaptic... por lo que parece que el problema lo provoca algún paquete actualizado de gnome...
Igual pruebo a actualizar desde una consola virtual con apt-get en vez desde el entorno gráfico con Synpatic, a ver que ocurre...
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