El orden recomendado para sistemas duales como este caso es: 1. Windows y 2. Linux
Si estás en el caso inverso vas a tener que arreglar el GRUB al menos, manualmente una vez que hayas logrado instalar Windows en el disco duro de tu equipo. Además de lo que te recomienda Juan, debes preparar una partición de arranque creo y otra para UEFI además de la partición NTFS, cuyo tamaño va en función de lo que quieras instalarle y de la cantidad de archivos que almacenes en ese sistema. Échale un vistazo a esto: http://askubuntu.com/questions/6317/how-can-i-install-windows-after-ive-installed-ubuntu Suerte
