Cuando usas X se llama "focus" a la ventana a donde van a parar las
pulsaciones de teclas que haces. Si usas emacs en X, la barra de
men�s (de emacs) es una ventana independiente de la ventana de edici�n
del texto. Si tienes el focus en la barra de men�s, esta ventana
reenv�a todos los caracteres que le lleguen a la ventana de edici�n.
Lo malo es que la barra de men�s no entiende los caracteres acentuados
as� que si recibe uno lo rechaza (pita) y �stos nunca llegan a la
ventana de edici�n.
Por lo que cuentas me parece que es esto lo que te est� pasando: que
el window manager que usas (�cual es?) cuando cambias a la ventana de
emacs pone el foco en la barra de men�s en vez de en la zona de
edici�n.
La soluci�n a esto ser�a mover el focus a la ventana de edici�n pero
c�mo hacer esto depende del window manager. Tal y como yo tengo
configurado twm basta con mover el cursor del rat�n hasta que est�
sobre la ventana de edici�n :-).