�Como puedo solucionar esto? �Para poder arrancar windows tambi�n?
He tenido hasta hace poco mi pc tal como tu quieres poner el tuyo (hasta que le di la patada a windows ;). Para hacerlo lo mejor es usar Grub en vez de lilo.
Tienes que enga�ar a windows para que crea que est� en el primer disco (la orden concreta creo que es map). Para la instalaci�n de windows, conecta el segundo disco como si fuese el primero. Cuando est� instalado conecta los discos como tu quieras y arranca linux. Luego instala grub y lo configuras para que enga�e a windows.

