Yo mismo me respondo, la explicaci�n y soluci�n est� por supuesto en el man de mplayer, el otro d�a lo mir� pero me salt� la parte clave:
-forceidx Fuerza la reconstrucci�n del INDICE. �til para archivos con �ndice mal (desincronizados, etc). El posicionamiento se hace posible. Puede arreglar el �ndice permanentemente con MEncoder (vea la documentaci�n). NOTA: Solo puede usar esta opci�n si el medio en el que est� soporta posicionamiento (p.e. no se puede usar con stdin, pipe, etc). Y en efecto, a�adiendo la opci�n -forceidx a mplayer, se toma su tiempo para generar en �ndice pero luego va bien. Ahora me toca mirar lo del MEncoder. Pues s�lo eso, si a alguien m�s le pasa y no lo sab�a aqu� dejo esto.
