Vamos a ver Luis, si lo que quieres es ocultar el codigo lo mas facil es acudir a la politica de permisos. O si prefieres complicarte la vida, hay muchas pero que muchas maneras de generar un archivo binario, y unas cuantas para desensamblarlo y acceder a su codigo; solo seria un poco mas de trabajo para ti y para quien quisiera acceder a dicho codigo.
Espero haberte servido de orientacion. (Perdona que no te de la solucion masticada pero es que el software cerrado va contra mis principios). Por cierto, particularmente creo que esta fuera de lugar hacer la pregunta que has hecho precisamente en una lista de Debian, cuya licencia creo que harias bien en leer. Al curro ... >Se puede ocultar el contenido de un fichero script *.sh. >Estoy pensando en una especie de compilaci�n para convertirlo en "binario" y >poder distribuirlo como si fuera un programa.

