Hast du mal sudo localectl --no-convert set-x11-keymap de pc104 neo
probiert? Wie die Option für's tauschen von Ctrl/Capslock aussieht weiß ich nicht; muß sich aber machen lassen. Auf meinem System hat es neben der Beseitigung verschiedener Schrägheiten gebracht, daß das Layout auch beim Login verwendet wird. (Mit Lightdm, X11, Cinnamon.)