*PhD position in African biogeography & evolution* Please help me advertise this position to any potential applicants.
Thank you and best wishes, Isabel. *Position description * PhD Position. Fixed-term employment, four years Available at the Royal Botanical Garden – Spanish National Research Council (RJB-CSIC, Madrid, Spain) Closing date: September 1st, 2013 You will analyze the genetic structure of selected subtropical and tropical species, or closely related plant taxa, with a widespread or disjunct distribution in Africa (project AFFLORA) in order to: disentangle the impact of neutral processes (isolation, genetic drift, gene flow), infer the location of potential Pleistocene refuges, estimate the timing of range disjunctions, and assess the level of gene flow across geographic barriers. You will also test for the existence of a spatially and temporally congruent demographic history, implying range shifts of entire communities (fragmentation, extinction) as opposite to idiosyncratic histories suggesting individualistic responses to climate change and independent colonization. To achieve these goals ideally you will: I) mine plant transcriptomes and identify markers for targeted sequencing using NGS techniques; II) produce population (SNPs) and species level (amplicon sequencing) molecular data using NGS techniques; III) reconstruct gene trees (inter-population divergence) and trace the spatial distribution of populations (lineages) through time; IV) infer geographical genetic structure or location of gene pools using Bayesian clustering models; V) use population demographic models based on coalescent theory to estimate gene flow across barriers and to estimate past population size changes; VI) assess congruence among phylogeographic patterns of the studied species and test alternative hypotheses on community-building in African floras using novel full Bayesian and Approximate Bayesian Computing techniques. *Requirements * Candidates should have completed their Masters or be done with it by the end of 2013 (this is a requirement of the Spanish fellowship program which cannot be waived; please, see call description at: http://www.boe.es/boe/dias/2013/08/14/pdfs/BOE-A-2013-8984.pdf [in Spanish]). The date in which that degree (Master or Bachelor if lacking) was obtained should be later than January 1, 2010. Once selected, the candidate can choose the PhD program they wish to join among the available Spanish universities. Preference will be given to candidates with prior knowledge on bioinformatics and/or computational biology (e.g., Masters in Bioinformatics). Good communication skills (written and spoken) in English are necessary, and language skills in Spanish are advantageous. Experience working with lab techniques in molecular phylogenetics and/or NGS data, and knowledge in phylogenetic and population genetic software and/or programming languages applied to these, such as R, Perl, Python, or C++ are advantageous. We are seeking a candidate who is independent, self-motivated, and interested in the use or development of new methods and approaches, in short, a person willing to go beyond the state-of-the-art in the field. We will attach great importance to personal characteristics and independence in learning and working, creativity and documented productivity. Priority will be given to those candidates who have co-authored one scientific publication before the deadline. *How to apply * Candidates should send their CV to Dr. Isabel Sanmartín ( [email protected]) no later than September 1st, 2013. Applications will be screened as they arrive, thus we encourage each applicant to send their CV as soon as possible. Dr. Isabel Sanmartín Senior Researcher Dept. of Biodiversity and Conservation, RJB-CSIC Plaza de Murillo, 2, 28014 Madrid, Spain E-mail: [email protected] Phone: 91 420 30 17 (Ext 213) Fax: 91 420 01 57 *Doctorado en biogeografía y evolución africanas* Por favor, ayúdenme a distribuir esta convocatoria entre posibles candidatos/as Muchas gracias con mis mejores deseos, Isabel. *Descripción del puesto* Contrato predoctoral por cuatro años Disponible en el Real Jardín Botánico – Consejo Superior de Investigaciones Científicas (RJB-CSIC, Madrid, España) Vencimiento del plazo: 1 de Septiembre de 2013 Objetivos: Análisis de la estructura genética de diversos taxones de plantas emparentadas de distribución geográfica discontinua (disjunta) subtropical en África (proyecto AFFLORA) con el objeto de: Desentrañar el impacto de procesos evolutivos neutrales (aislamiento, deriva genética, flujo genético); Inferir la ubicación de refugios potenciales pleistocenos; datar distribuciones disjuntas; y evaluar los niveles de flujo genético a través de barreras geográficas. Examinar la existencia de la existencia de congruencia, tanto espacial como temporal, de historias demográficas, indicadora de una respuesta común de las poblaciones a factores extrínsecos climáticos, o bien si cada linaje muestra su propia historia evolutiva. Si existe congruencia entre historias demográficas, examinaremos si puede ser explicada por eventos de cambio climático y extinción que afectaron al Norte y Centro de África. Con el fin de alcanzar estos objetivos, el proyecto implica las siguientes tareas: I) Utilizar transcriptomas publicados de taxones afines a los grupos de estudio para identificar marcadores para secuenciación dirigida empleando técnicas de secuenciación masiva (SNG); II) Generar datos moleculares a nivel poblacional (SNPs) y a nivel de especies (secuenciación de amplicones) empleando técnicas SNG; III) Reconstrucción de árboles de genes (divergencia interpoblacional) y distribución espacial de poblaciones (linajes) a lo largo del tiempo; IV) Inferir la estructura geográfica y la distribución del acervo génico (gene pools) de los taxones de interés mediante el empleo de modelos Bayesianos de agrupamiento (p.ej., Structure); V) Utilizar modelos demográficos poblacionales empleando teoría coalescente para estimar flujo génico a través de barreras y posibles cambios en los tamaños poblacionales (Migrate, BEAST); VI) Evaluar la congruencia entre patrones filogeográficos de las especies de estudio para testar hipótesis alternativas sobre el ensamblaje de comunidades en floras africanas empleando novedosas técnicas de análisis de inferencia bayesiana. *Requisitos* Los candidatos tendrán un Máster o lo completarán no más tarde del final de 2013 (este es un requisito de la convocatoria española de ayudas para la formación de doctores; detalles de la convocatoria pueden verse en http://www.boe.es/boe/dias/2013/08/14/pdfs/BOE-A-2013-8984. pdf). La fecha de obtención de este título (master o en su ausencia el de licenciatura) no podrá ser anterior al 1 Enero 2010. Se dará preferencia a candidatos con conocimientos demostrables de bioinformática y/o biología computacional (p.ej. Máster en Bioinformática). Es necesario poder comunicarse de forma eficiente (tanto oral como por escrito) en inglés, y preferible tener ciertos conocimientos de español. Es ventajoso demostrar experiencia previa con técnicas moleculares y/o datos generados con técnicas SNG, así como tener conocimientos previos de programas de inferencia filogenética y de genética de poblaciones y/o lenguajes de programación como R, Perl, Python o C++, empleados en estos campos. Nos interesa un/a candidato/a que sea creativo, emprendedor/a, e independiente y que esté interesado/a en el empleo de nuevos métodos y estrategias. Un plus añadido es tener alguna publicación científica previa a la solicitud del contrato. *Solicitudes* Los candidatos deberán enviar su CV a la Dra. Isabel Sanmartín ( [email protected]) no más tarde del 1 de Septiembre de 2013. Las solicitudes serán evaluadas en orden de llegada, por lo que animamos a los candidatos a enviarlas a la mayor brevedad posible. Dra. Isabel Sanmartín Investigadora titular Depto. de Biodiversidad y Conservación, RJB-CSIC Pza. de Murillo 2, 28014 Madrid, España E-mail: [email protected] Phone: 91 420 30 17 (Ext 213) Fax: 91 420 01 57
