Guy,

In the meantime, maybe you can remove emboss6, then install emboss5  
and then emboss6 again.

Sorry to not be of any more help right now.

- Koen.



On Aug 26, 2008, at 10:54 AM, Alexander Hansen wrote:

> Guy Lauquin wrote:
>> ppc, OS X 10.4.11, Xcode 2.5, X11 1.1.3
>> Fink Package manager version: 0.28.5, unstable tree
>>
>> I don't know why fink has installed two versions of "emboss package"
>> one from the unstable tree (version 6) and one from the stable tree
>> emboss version 5. There is now a conflict between these 2
>> installations when fink try to update the installation from the  
>> stable
>> tree.
>>
>> /Reading buildlock packages...
>>        All buildlocks accounted for.
>> /sw/bin/dpkg-lockwait -i
>> /sw/fink/dists/stable/main/binary-darwin-powerpc/sci/emboss-plplot5- 
>> shlibs_5.0.0-8_darwin-powerpc.deb
>> (Lecture de la base de données...
>> dpkg : avertissement important : le fichier contenant la liste des
>> fichiers du paquet « emboss-plplot5-shlibs » étant manquant, il est
>> considéré qu'aucun fichier du paquet n'est actuellement installé.
>>
>> dpkg : avertissement important : le fichier contenant la liste des
>> fichiers du paquet « emboss-ajax3-shlibs » étant manquant, il est
>> considéré qu'aucun fichier du paquet n'est actuellement installé.
>>
>> dpkg : avertissement important : le fichier contenant la liste des
>> fichiers du paquet « emboss-nucleus4-shlibs » étant manquant, il est
>> considéré qu'aucun fichier du paquet n'est actuellement installé.
>>
>> dpkg : avertissement important : le fichier contenant la liste des
>> fichiers du paquet « emboss-ajax4-shlibs » étant manquant, il est
>> considéré qu'aucun fichier du paquet n'est actuellement installé.
>>
>> dpkg : avertissement important : le fichier contenant la liste des
>> fichiers du paquet « emboss-nucleus3-shlibs » étant manquant, il est
>> considéré qu'aucun fichier du paquet n'est actuellement installé.
>> 158317 fichiers et répertoires déjà installés.)
>> Préparation du remplacement de emboss-plplot5-shlibs 5.0.0-7 (en
>> utilisant .../emboss-plplot5-shlibs_5.0.0-8_darwin-powerpc.deb) ...
>> Dépaquetage de la mise à jour de emboss-plplot5-shlibs ...
>> /sw/bin/dpkg : erreur de traitement de
>> /sw/fink/dists/stable/main/binary-darwin-powerpc/sci/emboss-plplot5- 
>> shlibs_5.0.0-8_darwin-powerpc.deb
>> (--install) :
>> tentative de remplacement de « /sw/lib/EMBOSS/libeplplot.3.2.7.dylib
>> », qui appartient aussi au paquet emboss-plplot6-shlibs
>> /sw/bin/dpkg-deb: sous-processus paste tué par le signal (Broken  
>> pipe)
>> Des erreurs ont été rencontrées pendant l'exécution :
>> /sw/fink/dists/stable/main/binary-darwin-powerpc/sci/emboss-plplot5- 
>> shlibs_5.0.0-8_darwin-powerpc.deb/
>> /### execution of /sw/bin/dpkg-lockwait failed, exit code 1/
>> /Updating the list of locally available binary packages./
>> /Scanning dists/unstable/main/binary-darwin-powerpc/
>> /
>> /
>> /Failed: can't install package emboss-plplot5-shlibs-5.0.0-8/
>>
>> how to eliminate the emboss installation (5.0.07) from the stable  
>> tree
>> and only keep the version 6 from the instable tree?
>>
>> Thanks
>>
>> guy
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> Check if you can remove emboss-plplot5-shlibs with an ordinary "fink
> remove".   If nothing still depends on it then that will serve your
> needs, but if something else does then you'll have to remove that.
>
> It looks like the libversion5 and libversion6 packages have libraries
> that overlap.  The maintainer (cced) either needs to install all of  
> the
> libraries in emboss-plplot6-shlibs in a safe private directory to
> prevent this overlap, and have all of the dependencies reflect this,  
> or
> to refactor the package with more splitoffs, e.g. if
> libeplplot.3.2.7-dylib doesn't get updated very often, give it its own
> package.


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