tyuu です。

> このときの . は何処を指すのでしょうか。
> cron で root で起動するので /root と思っていたんですが。

質問は、下記の script を cron で実施すればわかると思います。
--
#/bin/sh
pwd > /tmp/pwd.log
--

どこの Directory であるべきかは、
そのような Document を探した事がないので、わかりません。

不確定な要素を排除するのであれば
script 内で cd するか、絶対 Path で指定すれば良いと思います。
# 他の unix に移植もし易いでしょう。


以上
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by tyuu
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