Спасибо всем за ответы. Хочу подытожить: главное отличие состоит в следующем (как написал Владимир Друзенко):

По shutdown -r оно дёркает все /etc/rc.d/* и /usr/local/etc/rc.d/* stop, а по reboot просто убивает по kill -15.

Появился ещё вопрос: зачем тогда вообще нужна команда reboot, если есть shutdown, который корректнее завершает работу?

Ответить