Если изменений не так много, то вам прямая дорога к zfs send/receive.
Вы получите возможность отправить дифф, собранный без нагрузки на CPU средствами ФС (при настройке регулярного снепшотирования), аналогично на приёмнике сможете оставить возможность иметь историю изменений. -- Regards, Alexander Yerenkow
