I am using Galaxy to analyse RNA-seq libraries made from chicken cells.

I just groomed my sequences, passed them through TopHat and then Cufflinks.

This worked well and in the end I get a list of genes and their respective FPKM 

My only problem is that the names of the genes do not appears in the listing, 
they are simply reference as "CUFF.1, CUFF.2, " etc…

Could you please tell me how I could obtain gene names? (I went through the FAQ 
and could not get the answer).



New mail adress: olivier.gandril...@univ-lyon1.fr

Dr Olivier Gandrillon
Centre de Génétique et de Physiologie Moléculaires et Cellulaires
Université Claude Bernard Lyon I
Bat Gregor Mendel (ex 741)
16, rue Raphaël Dubois
69622 Villeurbanne Cedex
Phone : 04-72-44-81-90
Fax : 04-72-43-26-85
Web adress :
Lab: http://cgphimc.univ-lyon1.fr/spip.php?rubrique33&lang=en
Perso: http://www.cgmc.univ-lyon1.fr/Gandrillon/OG/OG1.html

"Comment obtenait-il l'adhésion du peuple aux nouveaux mensonges qu'il 
inventait chaque jour? Précisément parce que c'était des mensonges et 
précisément parce qu'ils étaient une insulte à la perception. Le peuple était 
hypnotisé par l'aplomb, ce droit qu'il s'octroyait de contredire l'évidence. 
Les gens portaient un regard médusé sur un Goebbels déchaîné. Ils voyaient en 
transparence son souhait énorme de nier le nain boiteux"

Tobie Nathan, in "Qui a tué Arlozoroff"

The Galaxy User list should be used for the discussion of
Galaxy analysis and other features on the public server
at usegalaxy.org.  Please keep all replies on the list by
using "reply all" in your mail client.  For discussion of
local Galaxy instances and the Galaxy source code, please
use the Galaxy Development list:


To manage your subscriptions to this and other Galaxy lists,
please use the interface at:


Reply via email to