El tema creo que no es como ejectuar esos archivos, sino que la manera estandar de instalar aplicaciones en Linux es usar el sistema de paquetes. Por ejemplo en el caso de ubuntu (No hablo de fedora porque no se que aplicacion tiene para manejar paquetes), tiene un centro de software, muy piola para gente que recién se inicia con Linux, donde sólo hay que elegir el programa, se baja y se instala solito. Si querés arrancar con Linux, te recomiendo empezar por instalarte un ubuntu, se que Fedora también es muy amigable, pero te hablo de lo que yo uso.
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