Esiste un magico modo gfoss per risolvere il problema o faccio prima a fare
i contorni delle 180 mappe a mano?

mmm ... io andrei di gdal_contour
http://www.gdal.org/gdal_contour.html
pero' prima cercherei di risolvere il problema della proiezione che ti dice qgis Image Boundary assegnando al raster le informazioni della proj
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