hello gmx-users:
when i enter the following :
grompp �Cf em.mdp �Cc com_wat.gro �Cp com.top �Co com_em.tpr
 
"Fatal error: Invalid order for directive moleculetype, file ""com.top"", line 17" appeared at the end.
 
partial content of  com.top file was as following:

;      
;      
;       This file was generated by PRODRG version 060825.0548
;       PRODRG written/copyrighted by Daan van Aalten
;       and Alexander Schuettelkopf
;      
;       Questions/comments to [EMAIL PROTECTED]
;      
;       When using this software in a publication, cite:
;       A. W. Schuettelkopf and D. M. F. van Aalten (2004).
;       PRODRG - a tool for high-throughput crystallography
;       of protein-ligand complexes.
;       Acta Crystallogr. D60, 1355--1363.
;      
;      

[ moleculetype ]
; Name nrexcl
DRG      3

[ atoms ]
;   nr      type  resnr resid  atom  cgnr   charge     mass
     1       CH3     1  DRG     CAH     1    0.000  15.0350  
     2       CH1     1  DRG     CAS     1    0.000  13.0190  
     3       CH3     1  DRG     CAT     2    0.000  15.0350  
     4       CH2     1  DRG     CBI     3    0.068  14.0270  
     5       CH1     1  DRG     CCF     3    0.151  13.0190  
     6         C     1  DRG     CCG     3    0.466  12.0110  
     7        OS     1  DRG     OCU     3   - 0.146  15.9994  
     8         O     1  DRG     OBJ     3   -0.539  15.9994  
     9         N     1  DRG     NCE     4    0.136  14.0067  
    10         H     1  DRG     HAG     4   -0.009   1.0080  
    11         C     1  DRG     CCD     4    0.390  12.0110  
    12         O     1  DRG     OBH     4   -0.644  15.9994  
    13       CH1     1  DRG     CCC     4    0.127  13.0190  
    14       CH2     1  DRG     CBG     5    0.000  14.0270  
    15       CH1     1  DRG     CAQ     5    0.000  13.0190  
    16       CH3     1  DRG     CAG     6    0.000  15.0350  
    17       CH3     1  DRG     CAR     7    0.017  15.0350  
    18         N     1  DRG     NCB     7    0.149  14.0067  
    19         H     1  DRG     HAF     7   - 0.008   1.0080  
    20         C     1  DRG     CCA     7    0.428  12.0110  
    21         O     1  DRG     OBF     7   -0.586  15.9994  
    22       CH1     1  DRG     CBZ     8    0.115  13.0190  
    23       CH2     1  DRG     CBE     8    0.051  14.0270  
    24         C     1  DRG     CAO     8    0.354  12.0110  
    25        OM     1  DRG     OAF     8   -0.760  15.9994  
    26        OM     1  DRG     OAP     8   -0.760  15.9994  
    27         N     1  DRG     NBY     9    0.035  14.0067  
    28         H     1  DRG     HAE     9   -0.035   1.0080  
    29         C     1  DRG     CBX    10    0.385  12.0110  
    30         O     1  DRG     OBD    10   -0.651  15.9994  
    31       CH1     1  DRG     CBW    10    0.125  13.0190  
    32       CH1     1  DRG     CBC    10    0.126  13.0190  
    33       CH3     1  DRG     CAN    10    0.015  15.0350  
    34       CH3     1  DRG     CBB    11    0.000  15.0350  
    35         N     1  DRG     NBV    12    0.136  14.0067  
    36         H     1  DRG     HAD    12   -0.009   1.0080  
    37         C     1  DRG     CBU    12    0.390  12.0110  
    38         O     1  DRG     OBA    12   -0.644  15.9994  
    39       CH1     1  DRG     CBT    12    0.127  13.0190  
    40       CH2     1  DRG     CAZ    13    0.000  14.0270  
    41       CH1     1  DRG     CAL    13    0.000  13.0190  
    42       CH3     1  DRG     CAE    14    0.000  15.0350  
    43       CH3     1  DRG     CAM    14    0.000  15.0350  
    44         N     1  DRG     NBS    15    0.136  14.0067  
    45         H     1  DRG     HAC    15   -0.009   1.0080  
    46         C     1  DRG     CBR    15    0.390  12.0110  
    47         O     1  DRG     OAY    15   - 0.644  15.9994  
    48       CH1     1  DRG     CBQ    15    0.127  13.0190  
    49       CH2     1  DRG     CAX    16    0.000  14.0270  
    50       CH1     1  DRG     CAJ    16    0.000  13.0190  
    51       CH3     1  DRG     CAD    17    0.000  15.0350  
    52       CH3     1  DRG     CAK    17    0.000  15.0350  
    53         N     1  DRG     NBP    18    0.136  14.0067  
    54         H     1  DRG     HAB    18   -0.009   1.0080  
    55         C     1  DRG       C    18    0.390  12.0110  
    56         O     1  DRG       O    18   -0.644  15.9994  
    57       CH1     1  DRG      CA    18    0.127  13.0190  
    58       CH2     1  DRG      CB    19    0.000  14.0270  
    59       CH2     1  DRG      CG    19    0.000  14.0270  
    60         C     1  DRG      CD    20    0.363  12.0110  
    61        OM     1  DRG     OE2    20   -0.740  15.9994  
    62        OM     1  DRG     OE1    20   -0.740  15.9994  
    63         N     1  DRG       N    20    0.127  14.0067  
    64         H     1  DRG     HAA    20   -0.010   1.0080  
    65         C     1  DRG     CBL    21    0.367  12.0110  
    66         O     1  DRG     OAU    21   -0.684  15.9994  
    67       CH2     1  DRG     CBK    21    0.053  14.0270  
    68       CS1     1  DRG     CCT    21    0.211  13.0190  
    69       CH2     1  DRG     CCS    21    0.053  14.0270  
    70       CH2     1  DRG     CCR    22    0.000  14.0270  
    71       CH2     1  DRG     CCQ    22    0.000  14.0270  
    72       CH2     1  DRG     CCP    22    0.000  14.0270  
    73       CH2     1  DRG     CCO    22    0.000  14.0270  
    74       CH2     1  DRG     CCN    23    0.000  14.0270  
    75       CH2     1  DRG     CCM    23    0.000  14.0270  
    76       CH2     1  DRG     CCL    23    0.000  14.0270  
    77       CH2     1  DRG     CCK    23    0.000  14.0270  
    78       CH2     1  DRG     CCJ    23    0.000  14.0270  
    79       CH2     1  DRG     CCI    24    0.000  14.0270  
    80       CH3     1  DRG     CCH    24    0.000  15.0350  

_______________________________________________
gmx-users mailing list    [email protected]
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 
www interface or send it to [EMAIL PROTECTED]
Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php

Reply via email to