Abhishek Banerjee wrote:
hi,
Actually I checked what you told me to do. I used genbox -ci
DMF.pdb -box 10 10 10 -nmol 100. Then I am getting a random box. I am
You are specifying a 10-nm cubic box (1000 nm^3 volume), so certainly 100
molecules will not fill it.
-Justin
sending u the screenshots of it. PDB i got from PRODRG server. Thanx for
you help.
Thanks
abhishek
--- On *Tue, 1/9/09, Justin A. Lemkul /<[email protected]>/* wrote:
From: Justin A. Lemkul <[email protected]>
Subject: Re: Binary mixture
To: "Abhishek Banerjee" <[email protected]>
Cc: [email protected]
Date: Tuesday, 1 September, 2009, 12:54 PM
Abhishek Banerjee wrote:
> Hi all,
> Thanks a lot for your reply. Actually I will
tell you the problem. I want a binary mixture of DMF and methanol.
Then I want to study the self diffusion coefficient as function of
mole fraction of ant of the component. Now I got a reference about
DMF. They used CS2 model with six interaction sites of DMF. So I
took all the parameters and wrote a separate itp file.
> #ifdef _FF_OPLS
> [ atomtypes ]
> ;type mass charge ptype sigma epsilon
> CH3 15.0350 0.280 A 3.80000e-01
8.00000e+01
> N 14.0067 -0.570 A 3.20000e-01
8.00000e+01
> C 12.0110 0.570 A 3.70000e-01
5.00000e+01
> O 15.9994 -0.500 A 2.96000e-01
1.00000e+02
> H 1.0008 0.060 A 2.20000e-01
8.00000e+00
> #endif
> [ moleculetype ]
> ; Name nrexcl
> DMF 3
> #ifdef _FF_OPLS
> [ atoms ]
> ; nr type resnr resid atom cgnr charge
> 1 CH3 1 DMF C1 1 0.280
> 2 N 1 DMF N 1 -0.570
> 3 CH3 1 DMF C2 1 0.280
> 4 C 1 DMF C 1 0.570
> 5 O 1 DMF O 1 -0.500
> 6 H 1 DMF H 1 0.060
> #endif
>
> "dmf.itp" 42L, 1288C
>
> Now my question is how do i make a solvent box of DMF with this
itp file. Plz help
An .itp file contains parameters, not coordinates, so you cannot use
it to create your box. You need a coordinate file. Aside from
that, I gave you some ideas about the commands you need to generate
a mixture using genbox in the last post.
-Justin
> thanx
> abhishek
>
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