Bagi Palinologist pertanyaan mendasar seperti yg Pak Awang tanyakan adalah wajar. Apalagi kalau tujuannya untuk aplikasi sekedar mencari fasies atau lingkungan pengendapan. Itulah sebabnya dari awal saya menyebutkan bahwa riset-riset DNA pada fosil masih hanya meramaikan dunia riset dan juga memberikan ide pada film fiksi ilmiah termasuk bermimpi. :)
Namun tentunya ada hal-hal lain yg terselip dalam penelitian DNA pada fosil2 ini: -Higher resolution tool. Dalam beberapa hal mungkin analoginya akan seperti penggunaan FMI/OBMI dibandingkan dengan identifikasi lithology dengan menggunakan dip meter atau gamma ray, seolah-olah FMI/OBMI hanyalah "higher resolution tool". Demikian juga dengan identifikasi DNA, dapat memiliki arti high resolution detection diantra fosil2 tsb. Namun ketika gamma-ray log dan dip-meter saja sudah dianggap cukup, untuk apa melakukan akuisisi data OBMI akan muncul sebagai pertanyaan aplikasi (bukan riset tentunya). Tujuan riset bisa sangat nggrambyang atau samar-samar saja, dan lebih spekulatip ketimbang exploration wild cat. Sama halnya dengan identifikasi species, barangkali dengan identifikasi DNA akan diketahui lebih detil lagi, misalnya sub speciesnya atau ... apapunlah. Seolah tidak hanya tahu speciesnya tetapi juga tahu diama rumahnya atau ekstrimnya kita bahkan akan tahu "siapa namanya" .... :) - New identification tool (Forensic science tool) Namun tentunya ada beberapa hal yg bisa dilakukan dengan mengetahui DNA diantara fosil-fosil ini tentunya. DNA akhirnya bukan hanya alat deteksi taksonomi saja, seperti yg dilakukan oleh paleontologist. Identifikasi DNA tentunya bisa lebih banyak dipakai untuk mempelajari fosil untuk tujuan forensic science tool. Misalnya mengapa dia punah, mengisi mising-mising taxa dalam taxonomy, dll. (Implications of ancient DNA for phylogenetic studies. DeSalle R Experientia 1994 Jun 15;50(6):543-50 American Museum of Natural History, New York, New York 10024.) Dalam evolusi tentunya Pak Awang juga mengerti bahwa teori evolusi yg dibangun awalnya hanya dari bentuk nya saja (morphology). Dan kita ketahuui bahwa dari morfologi ini saja sering urutan evolusi menjadi kurang tepat. Sehingga diperlukan pendekatan genotype-nya salah satunya tentu akan lebihbagus kalau diketahui DNA sequencenya. Memang betul dalam DNA sequence yang kalau dituliskan ATCG-nya akan suangat panjang. Dan dengan car-cara terterntu microbiologist ini mampu memotong dimanakah Rantai ATCG dalam DNA ini yg memiliki arti. Bahkan setahu saya dalam rantai chromosom ini dimana adanya DNA ini lebih banyak "sampah"nya ketimbang "berlian"nya. Sehingga memotong dan memilih sequence DNA yg tepat sangatlah perlu. Namun perkembangan komputasi akan sangat-sangat membantu dalam menganalisa ribuan bahkan jutaan parameter. Seperti yg Pak Awang tuliskan ada ribuan taxa yg dikenal saat ini, tapi saya yakin perkembangan komputasi saat ini akan memudahkan hal itu. Mnurut saya perlunya mengurai sequence DNA memang masih jauuh ... mungkin saat ini hanya untuk riset. Akan sangat jauh bagi kita yg ada di industri aplikatif. Seperti yang ada pada link saya sampaikan sebelumnya tentang riset DNA on fossil. salam, RDP On 2/8/06, Awang Satyana <[EMAIL PROTECTED]> wrote: > Wah, apa perlunya mengurai sekuen DNA suatu spesies pollen atau foram > ?Palinologist mendeskripsi polen untuk mengetahui spesiesnya agar diketahui > zonasi umur dan tempat hidupnya untuk membantu penafsiran stratigrafi dan > lingkungan pengendapan batuan yang mengandung polen itu. > > Kalau sang palinologist sudah tahu itu Florschuetzia trilobata yang biasa > hidup di antara 35-25 Ma, atau F. levipoli yang biasa hidup di 25-10 Ma, dan > puluhan ribu taxa lagi (diversitas di Indonesia untuk Recent taxa sangat > ekstrim, sampai 30.000 taxa kata Haseldonck, 1977), apakah perlu mengurai > sekuen DNA-nya ? Info apa lagi yang mau diambil selain identifikasi jenis > yang sudah bisa dilakukan tanpa mengurai kode2 genetik yang terkunci di > sekuen DNA pun. > > Memang sih kita juga tahu bahwa DNA itu memuat informasi yang menakjubkan. > Empat nukleotida pada inti DNA : ATCG (adenin, timin, sitosin, guanin) pada > komosom manusia bisa membuat variasi sekuen yang jumlahnya luar biasa. 23 > kromosom setiap sel sperma atau telur misalnya bisa berisi sekitar 3 miliar > nukleotida. Tapi, semaju sekarang pun biologi molekuler, miliaran kode sekuen > itu hanya mirip "celotehan-celotehan" yang riuh rendah karena kita tak > memahami bahasa mereka. > > Dalam biomedis, DNA memang butuh, sebab kita perlu menggali lebih banyak > info yang dibawa satu spesies, Homo sapiens - manusia. Mengenal manusia tanpa > melibatkan biomolekuler memang dangkal - tapi untuk mengidentifikasi fosil > polen atau foram dengan melibatkan DNA, padahal tujuannya hanya identifikasi > spesies yah buat saya sih berlebihan, sementara kita pun belum bisa > menguraikan kode miliaran kombinasi sekuen nukleotida itu. Perlukah kita > mengetahui seluruh aspek kehidupan Florschuetzia meridionalis, dari mana > asalnya, bagaimana hidupnya, perkawinan2 yang pernah dialaminya, dll. Kalau > kita jawab : perlu, yah memang mengurai sekuen DNA yang ada di selnya memang > diperlukan sebab itu tak bisa diperoleh dari sekedar deskripsi. > > Hanya, saat ini rasanya belum perlu. Teknik2 DNA adalah alat utama di > biomedis dan paleoantropologi - sebab kita hanya berhubungan dengan satu > spesies : manusia (atau hominid), sementara kita ingin menggali banyak > informasi daripadanya. Kalau kita hanya ingin mengenal spesies dari puluhan > ribu taxa pollen ? Deskripsi pun sudah cukup. > > salam, > awang > > Rovicky Dwi Putrohari <[EMAIL PROTECTED]> wrote: > Dear Trina, > Apakah teknik2 PCR yang anda lakukan ini juga dilakukan di Indonesia ? > Saya tahu beberapa alat PCR di Lab Mikrobiologi UI. Tetapi mereka > menggunakannya utk mikrobiologi klinik. Belum sampai ke fossil, > tentunya sampel preparasinya akan sangat berbeda. Namun masih manual, > belum otomatis. Apakah alat-alatnya juga sama ? > > Selama ini sepertinya biaya utk PCR dalam isolasi DNA masih relatip > mahal (100-200 ribu rups .... ini harga utk kebutuhan klinis looh > (Rumah Sakit). Reagent-reagent kitsnya pun kebanyakanmasih impor. Saya > ngga tau apakah Trina tahu dimana ada reagent kits yg dibuat didalam > negeri yg mungkin lebih ekonomis. > > Kalau boleh Trina cerita Donk buat temen-temen IAGI (Ikatan Ahli > Geologi Indonesia) ini tentang identifikasi DNA. Dasar teori yang > basic-basic dasar bagian bottom yg paling mudah saja lah. > > Thx > > RDP > > On 2/8/06, Trina Tallei wrote: > > Dream can come true. Who knows. Sejauh ini filogenetik > > (berdasarkan sekuens DNA) oleh kami dianggap bisa > > meluruskan sejarah. Kalau di biologi, taksonomi > > Linneaus itu berdasarkan morfometri dan penampakan > > fenotipe, sedangkan karakter seperti itu sangat bias > > dan memerlukan orang-orang yang sangat terlatih, > > apalagi untuk membedakan spesies-spesies kriptik (yang > > sulit dibedakan secara morfologi). Akan tetapi dengan > > sekuens DNA, semuanya serba pasti karena unit terkecil > > pembangun makhluk hidup adalah DNA (pastinya beda > > kalau bicara soal nanomolecular, ngomongin atom-atom). > > Nah yang kami lakukan adalah menempatkan kembali > > posisi living organisms dalam letak yang sesungguhnya > > dalam evolusinya. Mengenai apakah kita bisa mastikan > > apakah yang kita ekstrak dari fosil itu adalah ancient > > DNA atau bukan kontaminan, mestinya ditemani oleh > > metode pembanding lainnya, misalnya dengan peluruhan > > karbon radioaktif dari DNA yang diisolasi, kalau > > sampelnya cukup. Dengan teknik PCR, dengan sampel yang > > sangat sangat sedikit pun, DNA bisa diperbanyak, > > diamplifikasi. Sebagai contoh, dari segi forensik, di > > mana sampel yang ada misalnya hanya ada satu rambut > > suspect (harus ada akar rambutnya), kita bisa melacak, > > rambutnya siapa. > > > > Dalam membuat pohon filogenetik kita masih merujuk ke > > klasifikasi konvensional, karena dari situlah kita > > beranjak, dan kemudian meluruskan posisi organisme > > tertentu yang kami anggap salah letak. > > > > Mengenai DNA yang diambil dari fosil (barangkali > > masing-masing bidang ilmu memiliki masing-masing > > penjelasan mengenai apa itu fosil) tentunya bukan DNA > > utuh karena pastinya sudah terfragmetasi, sehingga > > kalau pun kita membangunkan kembali dinosaurus, > > mimpinya masih sangat jauh, karena kita harus tau > > pasti the whole sekuens dari genom dinosaurus. Kalau > > pun sudah tahu, living organism itu sangat kompleks, > > dan tidak sama dengan bakteri yang one gene one > > product. Pada eukariot itu one product could be > > expressed by multigenes, even hundred of genes. > > > > > > > > --- Rovicky Dwi Putrohari wrote: > > > > > WOW sangat menarik DNA on Fossil > > > > > > Kalau saja DNA ini terpreserved sangat bagus di > > > alam, tentunya > > > perkembangan teori evolusi dsb bisa lebih jelas. > > > Studi mengenai DNA > > > pada fossil ini sudah berjalan beebrapa waktu > > > silahkan klick : > > > http://www.mhrc.net/ancientDNA.htm > > > Abstract dari studi-studi inipun sepertinya > > > "menjanjikan" pencerahan > > > dimasa datang. > > > Nantinya kalau DNA dapat dipakai utk menentukan umur > > > ... huebatt deh. > > > Saat ini memang kebanyakan masih berada di dunia > > > riset, belum nyampai > > > ke bisnis. Kecuali bisnis Science Fiction Movie ... > > > but it's a good > > > dream > > > > > > RDP > > > On 2/7/06, [EMAIL PROTECTED] > > > wrote: > > > > ini ada pendapat dari teman yang bekerja banyak di > > > dna ..... barangkali > > > > memang perlu biomoleculair untuk bidang geologi: > > > > salam > > > > widya > > > > > > __________________________________________________ > > Do You Yahoo!? > > Tired of spam? Yahoo! Mail has the best spam protection around > > http://mail.yahoo.com > > > > > -- > --Writer need 10 steps faster than readeR -- > > --------------------------------------------------------------------- > To unsubscribe, send email to: iagi-net-unsubscribe[at]iagi.or.id > To subscribe, send email to: iagi-net-subscribe[at]iagi.or.id > Visit IAGI Website: http://iagi.or.id > IAGI-net Archive 1: http://www.mail-archive.com/iagi-net%40iagi.or.id/ > IAGI-net Archive 2: http://groups.yahoo.com/group/iagi > Komisi Sedimentologi (FOSI) : Ratna Asharina > (Ratna.Asharina[at]santos.com)-http://fosi.iagi.or.id > Komisi SDM/Pendidikan : Edy Sunardi(sunardi[at]melsa.net.id) > Komisi Karst : Hanang Samodra(hanang[at]grdc.dpe.go.id) > Komisi Sertifikasi : M. Suryowibowo(soeryo[at]bp.com) > Komisi OTODA : Ridwan Djamaluddin(ridwan[at]bppt.go.id atau [EMAIL > PROTECTED]), Arif Zardi Dahlius(zardi[at]bdg.centrin.net.id) > Komisi Database Geologi : Aria A. Mulhadiono(anugraha[at]centrin.net.id) > --------------------------------------------------------------------- > > > > > --------------------------------- > Relax. Yahoo! Mail virus scanning helps detect nasty viruses! > -- --Writer need 10 steps faster than readeR -- --------------------------------------------------------------------- To unsubscribe, send email to: iagi-net-unsubscribe[at]iagi.or.id To subscribe, send email to: iagi-net-subscribe[at]iagi.or.id Visit IAGI Website: http://iagi.or.id IAGI-net Archive 1: http://www.mail-archive.com/iagi-net%40iagi.or.id/ IAGI-net Archive 2: http://groups.yahoo.com/group/iagi Komisi Sedimentologi (FOSI) : Ratna Asharina (Ratna.Asharina[at]santos.com)-http://fosi.iagi.or.id Komisi SDM/Pendidikan : Edy Sunardi(sunardi[at]melsa.net.id) Komisi Karst : Hanang Samodra(hanang[at]grdc.dpe.go.id) Komisi Sertifikasi : M. Suryowibowo(soeryo[at]bp.com) Komisi OTODA : Ridwan Djamaluddin(ridwan[at]bppt.go.id atau [EMAIL PROTECTED]), Arif Zardi Dahlius(zardi[at]bdg.centrin.net.id) Komisi Database Geologi : Aria A. Mulhadiono(anugraha[at]centrin.net.id) ---------------------------------------------------------------------
