[julia-users] Compilation time

[Stéphane Mottelet]

Hello all,

I am currently studying if it is worth migrating my project from Scilab 
to Julia, and I have the following remarks/questions.
The code that is actually executed is automatically generated and the 
most time consuming tasks consist in (large) sparse matrix updating 
where the terms of the matrix are updated at each step of an 
optimization algorithm. Hence, typically code is of the kind

function solve_weight_1(v,x1_input)
#
# Weight 1 cumomers
#
@inbounds M1.nzval=[-(v[18]+v[63]+v[103])
v[63]
v[103]
v[18]
-(v[18]+v[63]+v[103])
v[63]
v[103]
v[18]
-(v[18]+v[63]+v[103])
...
] (800 lines for a 231*231 sparse matrix)


The code is produced during an assembly (like assembly in the finite 
element method), driven by the structure of a metabolic network. Since 
the structure of the network is completely arbitrary, adhoc code 
generation seems the best solution.

I am a bit puzzled because once the functions are compiled they run very 
fast, typically for the attached function runs in 0.000979136 s, but the 
first run/compilation takes 4.754678495 seconds.

julia> include("solve_weight_1.jl");

julia> @time out=solve_weight_1(v,x1_input);
elapsed time: 4.754678495 seconds (18975668 bytes allocated)

julia> @time out=solve_weight_1(v,x1_input);
elapsed time: 0.000979136 seconds (86520 bytes allocated)

How compilation time can it be improved ? There are plenty other 
functions like this one in the generated code and most of the time the 
code is rarely run more than a few times. Typically, the compilation of 
the while stuff takes 40 seconds but the optimization process only takes 
1 second...

Thanks in advance for help

Stéphane




function solve_weight_1(v,x1_input)
#
# Weight 1 cumomers
#
@inbounds M1.nzval=[-(v[18]+v[63]+v[103])
v[63]
v[103]
v[18]
-(v[18]+v[63]+v[103])
v[63]
v[103]
v[18]
-(v[18]+v[63]+v[103])
v[63]
v[103]
v[18]
-(v[18]+v[63]+v[103])
v[63]
v[103]
v[18]
-(v[18]+v[63]+v[103])
v[63]
v[18]
v[103]
-(v[39]+v[41]+v[124])
v[124]
v[41]
v[39]
-(v[39]+v[41]+v[124])
v[124]
v[41]
v[39]
-(v[39]+v[41]+v[124])
v[124]
v[41]
v[39]
-(v[39]+v[41]+v[124])
v[124]
v[41]
v[39]
-(v[39]+v[41]+v[124])
v[124]
v[41]
v[39]
-(v[16]+v[61]+v[85]+v[101])
v[61]
v[16]
v[101]
-(v[16]+v[61]+v[85]+v[101])
v[61]
v[16]
v[101]
-(v[37]+v[122])
v[122]
-(v[37]+v[122])
v[122]
-(v[37]+v[122])
v[122]
-(v[68]+v[153])
v[153]
-(v[68]+v[153])
v[153]
-(v[68]+v[153])
v[153]
-(v[68]+v[153])
v[153]
-(v[68]+v[153])
v[153]
-(v[68]+v[153])
v[153]
-(v[83]+v[168])
v[168]
-(v[83]+v[168])
v[168]
-(v[83]+v[168])
v[168]
-(v[83]+v[168])
v[168]
-(v[71]+v[156])
v[156]
-(v[71]+v[156])
v[156]
-(v[71]+v[156])
v[156]
-(v[71]+v[156])
v[156]
v[149]
-(v[64]+v[149])
v[64]
v[149]
-(v[64]+v[149])
v[64]
v[149]
-(v[64]+v[149])
v[64]
v[149]
-(v[64]+v[149])
v[64]
v[149]
-(v[64]+v[149])
v[64]
v[147]
-(v[41]+v[62]+v[147])
v[41]
v[147]
-(v[41]+v[62]+v[147])
v[41]
-(v[49]+v[129])
v[49]
v[129]
-(v[49]+v[129])
v[49]
v[129]
-(v[49]+v[129])
v[49]
v[129]
-(v[49]+v[129])
v[49]
v[129]
v[82]
v[70]
-(v[70]+v[74]+v[75]+v[77]+v[78]+v[80]+v[82]+v[155])
v[74]+v[75]
v[80]
v[155]
v[78]
v[82]
v[70]
-(v[70]+v[74]+v[75]+v[77]+v[78]+v[80]+v[82]+v[155])
v[75]
v[74]
v[80]
v[155]
v[78]
v[82]
v[70]
-(v[70]+v[74]+v[75]+v[77]+v[78]+v[80]+v[82]+v[155])
v[75]
v[74]
v[80]
v[155]
v[78]
v[82]
v[70]
-(v[70]+v[74]+v[75]+v[77]+v[78]+v[80]+v[82]+v[155])
v[75]
v[74]
v[80]
v[155]
v[78]
-(v[49]+v[50]+v[57]+v[134])
v[50]
v[49]
v[134]
-(v[49]+v[50]+v[57]+v[134])
v[50]
v[49]
v[134]
-(v[49]+v[50]+v[57]+v[134])
v[50]
v[49]
v[134]
-(v[27]+v[28]+v[112])
v[112]
v[28]
-(v[27]+v[28]+v[112])
v[112]
v[28]
-(v[27]+v[28]+v[112])
v[112]
v[28]
v[38]
v[38]
v[36]
-(v[36]+v[38]+v[38]+v[72]+v[74]+v[75]+v[121])
v[72]
v[74]
v[75]
v[121]
v[38]
v[38]
v[36]
-(v[36]+v[38]+v[38]+v[72]+v[74]+v[75]+v[121])
v[72]
v[74]
v[75]
v[121]
v[38]
v[36]
-(v[36]+v[38]+v[38]+v[72]+v[74]+v[75]+v[121])
v[38]+v[72]+v[74]
v[75]
v[121]
-(v[45]+v[47]+v[58]+v[130])
v[45]
v[130]
v[58]
-(v[45]+v[47]+v[58]+v[130])
v[45]
v[130]
v[58]
-(v[45]+v[47]+v[58]+v[130])
v[45]
v[130]
v[58]
-(v[45]+v[47]+v[58]+v[130])
v[45]
v[130]
v[58]
-(v[45]+v[47]+v[58]+v[130])
v[45]
v[130]
v[58]
v[104]
v[127]
v[67]
v[161]
v[124]+v[158]+v[160]
-(v[22]+v[67]+v[84]+v[96]+v[101]+v[103]+v[104]+v[109]+v[124]+v[127]+v[137]+v[138]+v[140]+v[141]+v[146]+v[158]+v[160]+v[161])
v[137]+v[138]+v[140]+v[141]
v[96]
v[103]
v[109]
v[22]
v[101]
v[146]
-(v[51]+v[52]+v[54]+v[55]+v[58]+v[136])
v[136]
v[51]
v[52]
v[58]
v[54]
v[55]
-(v[51]+v[52]+v[54]+v[55]+v[58]+v[136])
v[136]
v[51]
v[52]
v[58]
v[54]
v[55]
-(v[51]+v[52]+v[54]+v[55]+v[58]+v[136])
v[136]
v[51]+v[52]
v[58]
v[54]+v[55]
-(v[51]+v[52]+v[54]+v[55]+v[58]+v[136])
v[136]
v[52]
v[51]
v[58]
v[55]
v[54]
-(v[51]+v[52]+v[54]+v[55]+v[58]+v[136])
v[136]
v[52]
v[51]
v[58]
v[55]
v[54]
-(v[51]+v[52]+v[54]+v[55]+v[58]+v[136])
v[136]
v[51]+v[52]
v[58]
v[54]+v[55]
v[51]+v[52]+v[54]+v[55]
-(v[51]+v[52]+v[54]+v[55]+v[58]+v[136])
v[136]
v[58]
v[136]
-(v[51]+v[52]+v[54]+v[55]+v[58]+v[136])
v[51]+v[52]
v[58]
v[54]+v[55]
v[136]
-(v[51]+v[52]+v[54]+v[55]+v[58]+v[136])
v[51]+v[52]
v[58]
v[54]+v[55]
v[136]
-(v[51]+v[52]+v[54]+v[55]+v[58]+v[136])
v[51]+v[52]
v[58]
v[54]+v[55]
-(v[31]+v[116])
v[116]
-(v[31]+v[116])
v[116]
-(v[31]+v[116])
v[116]
v[135]
v[50]
-(v[50]+v[135])
v[135]
v[50]
-(v[50]+v[135])
v[135]
v[50]
-(v[50]+v[135])
v[135]
v[50]
-(v[50]+v[135])
v[135]
v[50]
-(v[50]+v[135])
v[135]
v[50]
-(v[50]+v[135])
v[135]
v[50]
-(v[50]+v[135])
v[43]
-(v[14]+v[43]+v[98])
v[14]
v[98]
v[43]
-(v[14]+v[43]+v[98])
v[14]
v[98]
v[43]
-(v[14]+v[43]+v[98])
v[14]
v[98]
v[43]
-(v[14]+v[43]+v[98])
v[14]
v[98]
-(v[45]+v[80]+v[86]+v[118])
v[45]
v[80]
v[118]
v[100]
-(v[4]+v[25]+v[89]+v[98]+v[100])
v[4]
v[98]
v[89]
v[100]
-(v[4]+v[25]+v[89]+v[98]+v[100])
v[4]
v[98]
v[89]
v[100]
-(v[4]+v[25]+v[89]+v[98]+v[100])
v[4]
v[98]
v[89]
v[100]
-(v[4]+v[25]+v[89]+v[98]+v[100])
v[4]
v[89]
v[98]
-(v[4]+v[25]+v[89]+v[98]+v[100])
v[4]
v[89]
v[100]
v[98]
-(v[4]+v[25]+v[89]+v[98]+v[100])
v[4]
v[89]
v[100]
v[98]
v[90]
-(v[5]+v[90])
v[5]
v[90]
-(v[5]+v[90])
v[5]
v[90]
-(v[5]+v[90])
v[5]
v[90]
-(v[5]+v[90])
v[5]
v[90]
-(v[5]+v[90])
v[5]
v[90]
-(v[5]+v[90])
v[5]
v[12]
v[91]
v[91]
-(v[6]+v[12]+v[34]+v[91]+v[91]+v[97]+v[99]+v[100])
v[97]
v[6]
v[99]+v[100]
v[12]
v[91]
v[91]
-(v[6]+v[12]+v[34]+v[91]+v[91]+v[97]+v[99]+v[100])
v[97]
v[6]
v[99]+v[100]
v[12]
v[91]
v[91]
-(v[6]+v[12]+v[34]+v[91]+v[91]+v[97]+v[99]+v[100])
v[97]
v[6]
v[99]+v[100]
v[3]
-(v[3]+v[9]+v[24]+v[87]+v[88])
v[9]
v[3]
-(v[3]+v[9]+v[24]+v[87]+v[88])
v[9]
v[3]
-(v[3]+v[9]+v[24]+v[87]+v[88])
v[9]
v[3]
-(v[3]+v[9]+v[24]+v[87]+v[88])
v[9]
v[3]
-(v[3]+v[9]+v[24]+v[87]+v[88])
v[9]
v[3]
-(v[3]+v[9]+v[24]+v[87]+v[88])
v[9]
v[67]
v[150]
-(v[65]+v[66]+v[67]+v[150])
v[67]
v[150]
-(v[65]+v[66]+v[67]+v[150])
v[67]
v[150]
-(v[65]+v[66]+v[67]+v[150])
v[67]
v[150]
-(v[65]+v[66]+v[67]+v[150])
v[67]
v[150]
-(v[65]+v[66]+v[67]+v[150])
-(v[33]+v[118])
v[118]
-(v[33]+v[118])
v[118]
v[11]
v[95]
-(v[10]+v[11]+v[95])
v[10]
v[11]
v[95]
-(v[10]+v[11]+v[95])
v[10]
v[11]
v[95]
-(v[10]+v[11]+v[95])
v[10]
v[95]
-(v[10]+v[11]+v[95])
v[11]
v[10]
v[95]
-(v[10]+v[11]+v[95])
v[11]
v[10]
v[10]
v[95]
-(v[10]+v[11]+v[95])
v[11]
v[131]
-(v[46]+v[131])
v[131]
-(v[46]+v[131])
v[131]
-(v[46]+v[131])
v[131]
-(v[46]+v[131])
v[131]
-(v[46]+v[131])
v[131]
-(v[46]+v[131])
v[17]
v[102]
-(v[17]+v[102])
v[17]
v[102]
-(v[17]+v[102])
v[17]
-(v[17]+v[102])
v[102]
v[17]
-(v[17]+v[102])
v[102]
v[17]
-(v[17]+v[102])
v[102]
v[17]
-(v[17]+v[102])
v[102]
v[158]
-(v[73]+v[158])
-(v[73]+v[158])
v[158]
-(v[73]+v[158])
v[158]
v[158]
-(v[73]+v[158])
-(v[73]+v[158])
v[158]
-(v[73]+v[158])
v[158]
v[127]
-(v[42]+v[127])
v[127]
-(v[42]+v[127])
v[127]
-(v[42]+v[127])
v[127]
-(v[42]+v[127])
v[127]
-(v[42]+v[127])
v[127]
-(v[42]+v[127])
v[161]
v[160]
-(v[76]+v[160]+v[161])
v[161]
v[160]
-(v[76]+v[160]+v[161])
v[160]+v[161]
-(v[76]+v[160]+v[161])
v[160]
v[161]
-(v[76]+v[160]+v[161])
v[160]
v[161]
-(v[76]+v[160]+v[161])
v[160]
v[161]
-(v[76]+v[160]+v[161])
v[23]
-(v[21]+v[23]+v[105]+v[106])
v[21]
v[105]
v[106]
-(v[21]+v[23]+v[105]+v[106])
v[21]
v[23]
v[105]
v[106]
-(v[21]+v[23]+v[105]+v[106])
v[21]
v[23]
v[106]
v[105]
-(v[21]+v[23]+v[105]+v[106])
v[21]
v[23]
v[106]
v[105]
v[166]
-(v[81]+v[166])
v[166]
-(v[81]+v[166])
v[166]
-(v[81]+v[166])
v[166]
-(v[81]+v[166])
v[166]
-(v[81]+v[166])
v[69]
v[108]
v[16]
v[107]
-(v[16]+v[69]+v[107]+v[108])
v[69]
v[16]
v[107]
-(v[16]+v[69]+v[107]+v[108])
v[108]
v[69]
v[16]
v[107]
-(v[16]+v[69]+v[107]+v[108])
v[108]
v[69]
v[16]
v[107]
-(v[16]+v[69]+v[107]+v[108])
v[108]
v[48]
v[22]
-(v[8]+v[22]+v[48]+v[93])
v[93]
v[8]
v[48]
v[22]
-(v[8]+v[22]+v[48]+v[93])
v[93]
v[8]
v[48]
v[22]
-(v[8]+v[22]+v[48]+v[93])
v[93]
v[8]
v[26]
v[92]
v[7]
-(v[7]+v[26]+v[92])
v[26]
v[92]
v[7]
-(v[7]+v[26]+v[92])
v[26]
v[92]
v[7]
-(v[7]+v[26]+v[92])
v[137]
v[138]
-(v[53]+v[137]+v[138])
v[137]
v[138]
-(v[53]+v[137]+v[138])
v[137]+v[138]
-(v[53]+v[137]+v[138])
v[138]
v[137]
-(v[53]+v[137]+v[138])
v[138]
v[137]
-(v[53]+v[137]+v[138])
v[137]+v[138]
-(v[53]+v[137]+v[138])
v[137]+v[138]
-(v[53]+v[137]+v[138])
v[137]+v[138]
-(v[53]+v[137]+v[138])
v[137]+v[138]
-(v[53]+v[137]+v[138])
v[15]
v[35]
v[97]
v[109]
v[94]
-(v[15]+v[35]+v[94]+v[97]+v[109]+v[146])
v[146]
v[15]
v[35]
v[97]
v[109]
v[94]
-(v[15]+v[35]+v[94]+v[97]+v[109]+v[146])
v[146]
v[35]
v[15]
v[97]
v[109]
v[94]
-(v[15]+v[35]+v[94]+v[97]+v[109]+v[146])
v[146]
v[60]
v[144]
-(v[60]+v[144])
v[144]
v[60]
-(v[60]+v[144])
v[144]
v[60]
-(v[60]+v[144])
v[144]
v[60]
-(v[60]+v[144])
v[44]
v[13]+v[14]
v[96]
-(v[13]+v[13]+v[14]+v[44]+v[96])
v[13]
v[44]
v[13]+v[14]
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