Aí depende

Se for 1-1 ou 1-N basta alterar o relacionamento

$novo_acesso->save();
$usuario->acesso = $novo_acesso;
$usuario->save();

Se for N-N você precisa adicionar ou remover ..

http://kohanaframework.org/3.2/guide/orm/relationships .. lá no final

$usuario->add('permissoes', $permissao);

$usuario->remove('permissoes', $permissao);

E vc verifica antes com has();

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