...não entendi bem a sua duvida e oque você espera fazer
@Gustavo_Souza,
e como você desejaria separar o administrador do site normal,
mas vou mostrar como estou fazendo no momento.

em relação a diretórios:

**Controllers
application/classes/controller/_aqui_vem_os_controllers_do_site_normal
application/classes/controller/admin/
_aqui_vem_os_controllers_do_administrador

**Models
application/classes/model/aqui_vem_os_models_do_site_normal
application/classes/model/admin/aqui_vem_os_models_do_administrador

**Views
application/classes/views/site/aqui_vem_as_views_do_site_normal
application/classes/views/admin/aqui_vem_as_views_do_administrador

as classes do controller e model, alem do nome do arquivo no nome da
classe
você teria que adcionar o nome do diretório anteriormente.

Class Controller_Admin_NomeController { }
Class Model_Admin_NomeModel { }

**Site normal (Declarado normalmente)
Class Controller_NomeController { }
Class Model_NomeModel { }

...no controller para chamar as views a mesma coisa, respectivamente
ao controller que está usando.

$content = View::factory('admin/_view_admin');
$this->template->content = $content;

$content = View::factory('site/_view_site');
$this->template->content = $content;

...para chamar os controllers do admin, é necessário você configurar o
"bootstrap.php" cada arquivo do controller criado no diretório.

Route::set('admin-controller_do_administrador', 'admin/
controller_do_administrador', array(
                'optional' => '.*'))
        ->defaults(array(
                'directory'  => 'admin',
                'controller' => 'controller_do_administrador',
                'action'     => 'index',
        ));
Route::set('admin-controller_do_administrador-form', 'admin/
controller_do_administrador/<action>(/<optional>)', array(
                'optional' => '.*'))
        ->defaults(array(
                'directory'  => 'admin',
                'controller' => 'controller_do_administrador',
                'action'     => 'index',
        ));


Sempre que adcionar novos diretórios no Controller, e deseja que sejá
visualizada, é necessário configuração no bootstrap.php.



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