un mio amico ha fatto questo schema, non e' solo una lista di programmi ma la sequenza di ricerca come vengono impiegati. Tuttavia le specifiche per licenze dei singoli tocchera che ce li vediamo noi.
cf De l?analyse de s�quence � la mod�lisation structurale : Je m?int�resse � plusieurs prot�ines de la levure impliqu�e dans la r�paration de l?ADN, qui jouent donc un r�le crucial dans le maintient de l?int�grit� du g�nome. L?existence d?homologues de ces prot�ines chez l?homme constitue un enjeu important pour identifier des prot�ines dont le disfonctionnement pourrait �tre � l?origine des cancers. A partir d?une s�quence, je r�alise des recherches d?homologues avec les programmes publics Blast et Psi-Blast (Atschul) dans les bases de donn�es publiques GenBank, EMBL, SwissProt. Je rassemble ainsi un groupe de s�quences homologues que je cherche ensuite � aligner. Pour r�aliser cet alignement multiple, j?utilise soit le programme public Clustal (cas simples) soit, dans les cas plus d�licats, le programme public HMMER. Ces alignements doivent souvent �tre optimis�s � la main. Les programmes publics BioEdit et SeaView s?av�rent excellents pour ce but. Gr�ce � ces alignements je peux identifier les homologues de ma prot�ine dans les diff�rentes esp�ces et particuli�rement chez l?homme. A partir de ces alignements multiples je cherche � construire un mod�le structural de la prot�ine humaine. La mod�lisation par homologie ou la reconnaissance de repliement sont des m�thodes en plein essor d�velopp�es � cet effet. Pour la mod�lisation par homologie j?utilise le programme public Modeller (Sali) et les programmes publics d?�valuation Prosa2, Anolea. Je visualise les r�sultats avec le programme public SwissPDBViewer. J?exploite ensuite ces mod�les avec le programme public de simulation de dynamique mol�culaire Gromacs. Les programmes de reconnaissances de repliement illustrent parfaitement les avantages de l?ouverture des logiciels d�velopp�s. Le meilleur d?entre eux est en fait l?assemblage raisonn� d?un ensemble de six m�thodes d�velopp�es � travers le monde et reconnues comme les plus performantes. On appelle cela un metaserveur et il en existe actuellement trois publics, 3DJury, CBS et GeneSilico. A partir du mod�le structural, je vais pouvoir analyser l?effet des mutations sur ma prot�ine soit au plan de sa stabilit� avec le programme public que j?ai d�velopp�, FOLD-X, soit au plan de ses interactions avec ces partenaires gr�ce aux programmes publics d?amarrage mol�culaire FT-Dock et Gramm. Cette analyse guidera des exp�riences pour mettre en �vidence le r�le de cette prot�ine dans le maintient de l?int�grit� du g�nome. Je connais un groupe aux Etats-Unis, celui de J. Skolnick (http://www.bioinformatics.buffalo.edu/current_buffalo/skolnick/) d�veloppant des m�thodes de pr�dictions de structures qui pourraient se r�v�ler extr�mement utiles pour la communaut� scientifique (254 publications). Bien que les outils d�velopp�s soient d?apr�s leurs auteurs r�volutionnaires, le brevet pos� sur la plupart de ces applications fait que ces outils sont directement destin�s au domaine commercial. Des programmes d�velopp�s par J. Fetrow d?analyse des sites structuraux dans les prot�ines ou des programmes comme TOUCHSTONE ne sont pas disponibles � la communaut� scientifique qui ne peut ni les �valuer, ni les utiliser pour faire progresser les connaissances. Cet exemple est certainement annonciateur de l?avenir d?une Europe o� les brevets pourraient �tre d�pos�s sur les logiciels et algorithmes. _______________________________________________ www.e-laser.org [EMAIL PROTECTED]
