Olá Ramon.
Use o cpulimit.
Veja exemplos de uso com limitação por processo (PID), processo (nome) ou 
programa.

http://www.vivaolinux.com.br/dica/Limitando-o-uso-da-CPU-com-o-CPULIMIT

Abraços

Fernando

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From: "Ramon" <[email protected]>
Sent: Tuesday, July 06, 2010 11:51 AM
To: <[email protected]>
Subject: (linux-br) Limitar uso de CPU por usuários do MySQL

> Olá,
>
> Estou com um banco de dados com aproximadamente 450 usuários ativos. E
> alguns deles estão executando consultas muito pesadas para o servidor.
> Está consumindo 100% de CPU. Pelo que pesquisei é possível limitar o uso
> de CPU apenas do processo do mysql, mas não por usuário do mysql ou as
> consultas do mesmo. Alguém sabe se isso é possível ?
>
> Desde já agradeço.
>
> Att
>
> -- 
> [[]]s
> Ramon Lucas
>
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