Hola, hay algunas dudas a las que le puedo dar respuestas, no 
soluciones, porque algunas es posible que no la tengan. Lo primero es 
que deben estar claros que Koha no es una alternativa para winisis, 
porque Koha es un "sistema integral de gestión para bibliotecas" y el 
winisis es una herramienta para gestionar bases de datos bibliográficas. 
Espero que comprendan que hay una gran diferencia entre un "sistema" y 
una pequeña herramienta para bases de datos. Entonces la solución está 
clara, lo que se necesita es un sistema(este incluye su herramienta para 
gestionar una base de datos que será totalmente invisible a los 
usuarios), eso implica un cambio en la práctica bibliotecaria como dejar 
de usar las fichas que se imprimen con el cataloga, entre muchas otras.
Para ser objetivo:

>> Alguien puede decirme si usando winisis le hizo falta el Cataloga
>> antiguo de Pedro Urra?
>>     
Eso depende de la práctica del centro, si trabajan con fichas entonces 
necesitarán imprimirlas.
>> No me explico como un software tan antiguo todavía existe en nuestras
>> instituciones y sin una alternativa clara moderna y libre.
>>     
Nadie va a lanzar un proyecto así porque la solución para las 
bibliotecas no es una herramienta que te permita gestionar bases de 
datos bibliográficas solamente, sino todo un sistema, existen varias 
alternativas de sistemas, no solo Koha. Entonces es un problema de las 
instituciones nuestras, por falta de recursos, por desconocimientos y 
uno muy importante, falta de entendimiento  entre los informáticos y los 
bibliotecarios.
>> Con las últimas pruebas que hice hoy logré abrir las bases del isis en
>> el winisis y este en Debian Lenny con el Wine. El Cataloga me dio error
>> en el wine pero no le veo mucho sentido ya que se usaba principalmente
>> para imprimir fichas de libros y eso creo que puede hacerse en el
>> Winisis.
>> Mi otra duda es si algún sector ha dado una solución nativa para Linux y
>> este tipo de instituciones con alternativas como Koha?
>>     
Estas quedan aclaradas en las respuestas anteriores.
>> saludos
>> Lesman
>>     
Saludos
Yadir
>
> Amigo, yo ni idea, pero te recomiendo que vayas a la facultad de 
> bibliotecología, donde seguramente nadie conocerá una alternativa, pero si 
> habrá quien te pueda ayudar a buscar(pues ellos sabrán que buscar). Sobre 
> todo pregunta por Zoia(creo que se escribe así, es una profesora ya mayor y 
> rusa), los profesores jóvenes también es posible que sepan algo, con los 
> estudiantes no pierdas tu tiempo, aunque es posible que alguno sepa de lo que 
> le estás hablando, la gran mayoría está ahí pa pasar el tiempo...
>
> suerte!
>
>   
Suerte!! Aunque mas bien te aconsejo que busca un bibliotecario que 
trabaje contigo para que se empape bien en el tema porque se necesitan 
conocimientos sobre la práctica bibliotecaria, normas, formatos, etc.. 
En un encuentro vas a salir con mas dudas.

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