David:

(... )  Mi problema viene aqui,
cada usuario configuro segun su gusto el color de fondo y fuente, tamaño
de fuente,numero de mails a mostrar,ordenado a su gusto en su cuenta del
Webmail (Squirrelmail), mi consulta es ¿donde se guarda esa
configuracion?

Squirrelmail guarda la configuración de cada usuario en el directorio
que especifiques para data (squirrelmail trabaja con dos directorios:
uno para data y otro para los attachments).
En ubuntu, y probablemente otros debians, está en
/var/lib/squirrelmail/data .  Ahí guarda tanto la configuración de
cada usuario como la libreta de direcciones.

Para trasladar la información, te sugiero (no he probado a hacerlo):
1.  Anota a qué usuario pertenecen los archivos, y los permisos de
acceso que tienen.
$ sudo ls -lar /var/lib/squirrelmail/data    (probablemente necesitas
permiso de superuser para ver el directorio, porque suele ser
propiedad del user del servidor de web, y sólo lectura y escritura por
ese usuario).

2. Empaqueta todo el directorio:
$sudo tar cvvfj  squirrel.usuarios.tar.bz2 /var/lib/squirremail/data

3. Te lo llevas a la otra máquina, y lo desempaquetas.  Si los
permisos no han cambiado, OK, listo, ya tienes la configuración y las
libretas de direcciones de los usuarios.

Espero que te sirva.
RobertoZ
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