No tengo mucho conocimiento sobre montar un servidor CVS o SVN y me estoy viendo en la necesidad de montar uno pero esto mejor lo dejo para otro post :P
--------------- Por otro lado el manejo de estos archivos ya me corre perfecto. El molestoso Dreamweaver tenía la opción de guardar los archivos con los saltos estilo Unix y con eso se solucionó todo el problema. Gracias por sus aportes.