Bueno, creo que tu mejor solución es configurar al Jbuilder para que no te incluya los archivos que no necesitas en el archivo WAR. Porque eso de estar descomprimiendo y comprimiendo como que no es muy eficiente... :p
Siempre podés buscar otras opciones para hacer archivos de deploy como el ANT o MAVEN. -- (o_ \* / / ) | / \ / | O | v v ....
