Que probaste? rsync, scp, mi programa? Comparaste con localhost?
si, probé de todo y tengo 3 veces mejor performance en fedora con el bonding funcionando que en centos.
Que unidades son esas? b con minusculas es bit, B con mayusculas es Byte. 90mbps esta LEJOS de gigabit. http://en.wikipedia.org/wiki/Data_rate_units Si te refires a 90MiB/s quizas estas topando con otra limitante como algun switch entremedio? Como estan conectados los tarros?
son 90MiB/s y comprueba que el cuello de botella es la red.

