velho eu te aconselho fazer ums testes simples antes de passar para algo mais complicado por que as vezes você vai precisar de fazer algo complicado que as vezes é simples mas vai acabar gastando mais linhas que o necessario.
o helper é somente para metodos corriqueiros exemplo : base_url() . result() e outros o plugin é para functions simples : vamos supor que você criou uma function criaPontoVermelho() e você vai usar em diversas areas no seu site ae você usa sua function como plugin no ci quanto ao site eu uso um controllher para cada area do site (ou modulo) e um model para cada conjunto de modulos exemplo : homemodel e adminmodel para um site de médio porte que so tem gerenciador de conteudo simples e paginas para visualização. mas cada caso é um caso.
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