Olá,

não sei quem é o autor do problema, mas eu andei deletando uns threads
antigos, e não vi o início da discusão.

Quem estiver precisando dessa ajuda, pode por favor, enviar alguns detalhes
do problema?

Eu teria que fazer um teste, para comprovar, mas a própria documentação
dentro do arquivos index.php já indica que você deve ter as pastas de
aplicações separadas do system.

index.php
/*
|---------------------------------------------------------------
| SYSTEM FOLDER NAME
|---------------------------------------------------------------
|
| This variable must contain the name of your "system" folder.
| Include the path if the folder is not in the same  directory
| as this file.
|
| A variável deve conter o nome de sua pasta de sistema.
| Incluíndo o caminho para a pasta se ela não residir o mesmo diretório
| deste arquivo.
|
| NO TRAILING SLASH!
| SEM BARRA NO FINAL!!!
|
*/
$system_folder = "system";

A disposição de seu sistema deveria ser algo assim:
-home
--index.php
--media
--application

-admin
--index.php
--media
--application

-system

Como eu disse antes não alteraria nada na sua aplicação, se ela trabalha com
caminhos relativos, e se você usou os helpers e libraries que capturam
valores do config. No caso do .htaccess você pode ter dois, um em cada pasta
(home, admin).

No meu ponto de vista, se entendi qual é o problema, seria você criar um
sub-domínio para a administração, no painel de sua hospedagem, ficaria algo
como admin.meusite.com.
Dae esse sub-domínio você aponta para a pasta admin. Que terá um index, um
.htaccess padrão, e a sua aplicação. E o endereço principal, você aponta
para a pasta home.

A pasta media, pode ter outra localidade, se você necessitar compartilhar
imagens, css, entre os dois sites.

Qualquer coisa me dá um retorno pra eu pensar melhor.

Falow!!

-- 
Robson Mendonça
http://www.myweboncreate.com
CTO at LEC/UFRGS (Cognitive Studies Lab)
LEC - Laboratório de Estudos Cognitivos - UFRGS
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Educação
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