Atualmente estou desenvolvendo um projeto de médio porte em CI totalmente modular (cada módulo tem seus próprios models, controllers, views, js, css, etc.).
Nele estou usando (de forma adaptada) o Carabiner<http://codeigniter.com/wiki/Carabiner/>para gerenciar os 'assets' e posso afirmar que o código está bem mais organizado... Acho que vale a pena conferir.
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