Tirale un nmap para ver que puertos tenes abiertos, instala nessus y hacele un scaneo al server para ver que recomendaciones de seguridad te tira. Configura el firewall para responder peticiones y no para establecer una conexion nueva que no tenga una peticion previa porque te pueden hacer un backdoor sino. Corre demonios para hacer modificaciones en archivos fisicos de sistema, no permitas que la aplicacion escriba directamente en ellos, sino vas a tener un agujero de seguridad enorme. Cuando sea posible utliza tuneles. Espero que te sirva, saludos!
-- Matías Magni http://blog.matiasmagni.com.ar
